培根在《新亞特蘭提斯》中提到了一個秘密社團，其幾乎可以被視為神秘哲學家結社的宣言，
但三百年來它卻始終未曾引起人們的注意...
這是一個關於本撒冷的寓言，這個名字的意思是和平之子，
這個地方與亞特蘭提斯維持著貿易往來，它們互相交易的東西是真理之光，後者的位置就在那被稱為美洲的地方...
所有的蛛絲馬跡都顯示，我們的這片大陸正是培根期許人類帝國能夠開花結果的地方，
因為它是被大自然所眷顧，要使哲學與科學得以在這裡繁榮昌盛的福佑之地。
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弗朗西斯・培根的著作一般可以被分成三種類型：專業類、文學類與哲學類。這每一個類別都包括了他的多部重要著作，但是要了解培根的思想、品味與理念，還是從哲學類的著作作為切入的角度最為合適。他被歸屬到這一類別的作品有的是嚴格意義上的哲學著述，有的是比較偏向科學的論著，也有的是對於各式知識問題的總結論冊。
《新亞特蘭提斯》毫無疑問是培根最重要的倫理學作品，這本書也可以說是對他的哲學代表作《新工具論》的補充。對培根來說，追求知識有一個重要的目的就是為了學以致用、經世濟民，所以他肯定清楚想過自己提出的歸納法究竟可以如何造福後世。
《新亞特蘭提斯》起初是作為《木林集》的附錄在1627年首次出版，後者是一部內容橫跨了十世紀的自然史。這本書的扉頁設計得十分別出心裁，扉頁的插圖中有一個看起來非常古老的生物，牠顯然代表時間，正在將一位女性從漆黑的洞穴中拉出。整幅插圖的含義可謂相當顯而易見：隨著時間的流逝，曾經被隱藏的真理終將真相大白。這幅插圖堪稱是最能夠代表先行者的印記或象徵之一，它闡述了對人類重獲新生與神學重新返璞歸真的期待。
《新亞特蘭提斯》並未在培根在世的時候發表，它實際上是由他的牧師−威廉・羅利（William Rawley）在其去世後的第二年整理出版的。羅利是培根多年的摯友，培根甚至把自己大部分的著作都留給了羅利。羅利本人也是發自內心尊敬培根的品德與思想，他甚至留下了希望死後能被葬在自己的恩師腳下的遺願，後來他的願望也果真實現了。
羅利在他為《新亞特蘭提斯》所作的序言中寫道：“我的恩師撰寫了這個寓言，他在故事的最後闡述了一所大學的模型或藍圖，這是一所為了研究自然、為了人類的福祉而投入在研究各種偉大而奇妙的發明中的大學；這所大學的名字叫做所羅門殿堂，又名六日學院。”
當然，六日學院這個名字其實是在隱喻要想揭開自然的面紗，就必須先經過重重困難。根據《創世紀》記載，這個世界是在六天內被創造的，由於上帝是在象徵性的六天中創造世界，所以人也必須通過六項哲學步驟才能讓自己達到完美。
這所大學是一所秘密學校，它是智者們的“宅邸”，一切技藝與學問都會在其中傳授，並且它們不會被強硬地用唯物主義的思維來解釋，而是真正深究這些事物的神聖本質。
按照羅利的說法，他的主人本來還打算繼續為《新亞特蘭提斯》創作第二部分，好讓這個寓言變得更完整，其中將會描述這個理想國，或者說智者聯邦所推崇的法律。由於培根一向習慣先寫出多篇草稿，所以這個第二部分很可能至少有留下大綱的形式；不過，羅利想必是覺得把老爺子尚未完成的作品拿去出版並不妥當吧。
《新亞特蘭提斯》其實有第二部分，這在歐洲的秘密社團之間是眾所週知的事實。據說這個部分包含了對所羅門殿堂中的一間特別的大房間的描述，裡面擺設著這個哲學帝國的總督們的徽章或紋章。
或許正是因為這個緣故，這些內容才會被刻意隱瞞，因為這些徽章與紋章在現實中都是確實存在的，一旦這些人與秘密社團的關係被揭露，反而有可能會為他們惹來殺身之禍，沃爾特・雷利（Walter Raleigh）就是一個血淋淋的教訓。
《新亞特蘭提斯》的寓言始於一艘從秘魯出發、計劃要駛向中國與日本的船隻，但這艘船卻因為遭遇逆風而耽擱了好幾個月的行程。經過這麼多個月的時間，船上的很多人都沒能挺過飢餓和疾病，他們向上帝祈禱、懇求祂施以援手，結果他們的祈求真的顯靈了；這艘船漂流到了一座大城市壯觀的港口邊，那是一片過去從未被發現過的土地。船員們受到了當地人的熱情招待，在完成登陸手續後，他們現在可以好好開始遊覽這座不可思議的城市了。
在培根的經典名著《新工具論》的扉頁插圖中有一艘徘徊在兩根柱子之間的小船，這兩根柱子就是位於直布羅陀海峽的海克力士之柱，它們標誌著西方大海的盡頭。小船象徵科學，它正在從舊世界的邊界航向未知的智慧之海。這不就是最後漂泊到那座人間天堂——智者之城的同一艘船嗎？
《新亞特蘭提斯》仔細描述了這所大學的美好景象，智者們在那裡互為良師益友，其中一位智者在禱告時唸唸有詞說道：
“掌管天國與塵世的上帝呀，祢賜予我們恩典，使我們得以認識祢的創造與受造物的秘密；以及學會明辨何謂神蹟、何謂自然的恩惠、何謂人的成就，還有何謂捉弄人的騙術與妄想。”
這段介紹秘密社團的段落在這麼長時間以來始終沒能引起人們的注意，這一點實在不可思議，因為它根本就是神秘哲學家結社的公開宣言。
智者之城所在的這個地方叫做本撒冷（Bensalem）；它的意思是和平之子。本撒冷與世界各地維持著貿易往來，但不是交易黃金、白銀、珠寶、絲綢、香料或其它任何物質商品；它交易的東西永遠只有真理之光。與其貿易的對象就包括亞特蘭提斯，據說後者的位置其實就是美洲。
所羅門殿堂在每一個國家皆有大使、代理人和代表，以便讓各種技藝和科學領域的最新發現都能夠被分享給全世界。在那裡有一座巨大的圖書館記錄著所有實用的知識，以備來日的不時之需。
這本書最後是以所羅門殿堂的一位長老的長篇演講作為結尾。這位高貴之人在下面這篇氣勢恢宏的演講中總結了兄弟會的工作——這值得被刻寫在每一間學府的大門前，更值得被所有學者、科學家和哲學家永遠銘記：
“探究萬事的至理，洞悉萬物的秘密，拓展人類帝國的疆域，實現一切可能之事，就是吾等的使命。”
長老接著繼續介紹了實驗室、天文台、礦山還有醫院，以及各種動力裝置與可以控制自然元素的發明，還有他們對自然奧秘的探究。這裡有進行植物研究的花園，有充滿各式鳥類與動物、以供人們研究其習性的公園。甚至連爬蟲類、昆蟲和魚類也通通一應俱全，而且牠們都被仔細地進行了分類。
種類繁多的藥物在這裡被蒸餾與配方，得益於對自然法則的認識，機械工藝同樣在不斷進步。
在其中有些屋子裡，人們會透過香水、味道、聲音、音樂與特別的聲學工具來研究人的感官。
還有一些屋子保存了對世界上各種騙術的研究，以了解這些詭計究竟為何能夠將人們耍得團團轉。
這是一座人人都能其喜好與能力來發揮所長、各盡所能的哲學之城。城裡的博物館收藏著罕見且不凡的發明，以及所有曾對人類進步有所貢獻的偉人雕像。其中一尊雕像正是克里斯托弗・哥倫布；還有一尊是最早發明麵包的人。
最後，故事在敘述者話還沒說完的時候就突然結束了。
來不及被說完的部分恰恰是對這個哲學聯邦採用的法律的描述，我們可以合理想像，這些法律應該就像整個故事的框架，都是仿照柏拉圖筆下的哲人王政府來設計的。
一切蛛絲馬跡皆顯示，美洲正是培根夢想中的六日學院的落腳之處，因為它是被大自然所眷顧，要使哲學與科學得以在繁榮昌盛的福佑之地。
這個夢想有一部分在今天已經實現了。這片土地擁有今天世界上最先進的實驗室、天文台與研究機構，而且我們還在積極探索原子和電子的奧祕，好將上天賜予的火焰——電能也變成我們的忠僕。
現在唯一剩下的就是要用哲學來為科學加冕。隨著我們逐漸發現越來越多知識，我們遲早會見證一個哲學帝國從人類社會中冉冉升起。
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