如果沒有特別騰出篇幅來討論密碼，那麼一份探討象徵主義的論文終究也只能做到差強人意的程度。軍事和外交領域長久以來都非常仰賴密碼，但現代世界卻忽略了密碼在文學與哲學中發揮的重要作用。假如破譯密碼可以成為一門顯學，那麼它必將使得人們赫然發現原來許多迄今還未被如此懷疑過的智慧，都早已為古代與中世紀哲學家所熟知。這還會證明有很多作者之所以刻意把文章寫得贅詞冗句又雜亂無章其實都是為了要隱藏話外之音。這些密碼通常都是被以最巧妙的方式藏匿起來：它們可能被藏在書紙的水印、古籍的封面、標示有誤的頁碼、一個句子的第一個字母或單詞、數學方程式或看上去難以理解的角色、滑稽的黑話、可以用點火顯露出來的隱顯墨水、單字或字母密碼，甚至是必須通過反覆仔細閱讀才能夠理解其含義的含糊字句、精心編纂的早期書籍中的首字母，還有計算單詞或字母的數值。假使那些有心要研究共濟會的人能夠認真考慮由此著手，那他們便有可能從16-17世紀的書籍與手稿中找到可以填補共濟會歷史空白的必要信息，這段空白從古代世界的神秘學派一直綿延至過去三個世紀的共濟會團體。
除非能夠理解象徵符號，否則古代神秘學派的奧祕是絕不會向門外漢揭曉。象徵主義可說是肩負著雙重使命，一來它要向外行人隱瞞神聖真理，二來它也得向那些有資格理解的人揭示它們。形式本身是神聖原理的無形象徵；象徵主義則是大自然的語言。抱持敬畏之心的智者會看破面紗，並以更清晰的視野思考現實；但無知者無法區分虛實真假，映入他們眼簾的只會是一個滿是符號的世界。毋寧這樣說，大自然——那位偉大的母親——她總是讓自己隱身在萬物看似難以理解的表象背後，但只有她那些最成熟也最智慧的兒子們能因為他們堅定的信念與忠誠得到褒獎，她會向他們透露一份密碼字母表，而這是看穿這些表象的關鍵。
古代神秘學派的神殿都有一套屬於它們自己的神聖語言，唯有該學派的成員才可能知曉，而且它從來都只在至聖所中被訴說。啟蒙的祭司相信，使用與烏合之眾拿來爭吵與糾紛的相同語言來討論更高層次的神聖真理和永恆大自然的崇高實相是大不敬。神聖的科學只能被以神聖的語言來表述。跟著被發明出來的還有秘密字母表，每當智者開始將自己的秘密付諸白紙黑字時，這些字跡對於不知情的人來說幾乎與鬼畫符無異。這種書寫形式又被稱為神聖或赫耳墨斯字母表。其中有幾類——例如有名的天使字母——至今仍在共濟會的更高等級之間流通。
然而，秘密字母表也無法盡如人意，雖說它們使作品的真實意圖變得艱深晦澀，但它們的存在也形同於自招了確實有被隱藏的信息——這正是祭司們極力想要隱瞞的事實。透過耐心或迫害，掌握這些字母表的竅門最終還是會外流，使得字裡行間的內容被不配的人所獲。於是乎，這就有必要採取更微妙的方法來隱瞞神聖真理。結果這產生出了一套密碼式的書寫系統，它的用意便是要同時瞞住信息與密碼自身。接著這又造就了一種將秘密傳授給後輩的方法，光明會蓄意使得某些文獻得以傳播開來，而包含在它們其中的密碼就暗藏了神秘主義禹哲學的最深刻秘密。因此，中世紀哲學家才可以在整個歐洲宣揚他們的理論卻不致引起猜疑，因為含有這些密碼的書卷就算會遭到頻繁審查，卻也不會因而外洩隱藏信息的存在。
在中世紀，有不少作家——他們都是秘密政治或宗教組織的成員——會在他們出版的書籍中暗藏密碼。隱寫術儼然已經成為了一種風尚；每個歐洲皇室都有自己的外交密碼，就連知識份子也會互相競爭誰能創造最稀奇又難解的密碼。15、16、17世紀的文學作品正逢密碼遍地開花，可是其中只有很少真的被解譯。由於那個時代的宗教專橫，身處在這一時期的許多科學和哲學知識份子都不敢貿然公佈他們的發現。為了替全人類留住他們的智力勞動果實，這些進步的先驅遂用密碼隱藏他們的發現，他們相信比他們更仁慈的後代必將重新發現及學會欣賞他們的智慧。
有趣的是，其實有很多教會人士也使用密碼，因為他們顧忌自己的科學研究會招來被逐出教會甚至更糟的命運。羅傑・培根的一套複雜密碼直到最近才被破解，其證明了這位早期科學家對細胞理論的真知灼見。在美國哲學學會（American Philosophical Society）的演講上，破譯了這位修道士的密碼手稿的威廉・羅曼・紐博爾德博士（Dr. William Romaine Newbold）就如此說道：
“這些圖繪非常準確地畫出了某些物體的外觀，令人很難不去猜想培根曾使用顯微鏡觀察過它們。它們有精子、體細胞、生精管、卵子，甚至是它們的細胞核都栩栩如生。總共有九張大圖紙，其中至少有一張繪畫的內容與受精卵發育的某個階段出奇相似。”（參見1921年7月《評論回顧》〔Review of Reviews］）
假使羅傑・培根沒有用一套複雜的密碼來隱瞞他的發現，那麼他肯定會被當成是異教徒而遭到迫害，還有可能會步上早期的自由思想家們的後塵。儘管科學在過去兩百五十年來不斷高歌猛進，但許多新發現的功勞卻仍舊沒有被公正地追授給中世紀的研究者。這些重要發現的唯一紀錄就藏在他們留下的著作的密碼中。誠然有很多作家都曾以密碼學為題著述過，但是在哲學與宗教研究這方面，最有價值的仍首推這幾本：斯龐海姆的修道院長約翰尼斯・特里特米烏斯（Trithemius）的《密碼學與隱寫術》（Polygraphia and Steganographia）、切斯特主教約翰・威爾金斯（John Wilkins）的《墨丘利或秘密的飛毛腿信使》（Mercury, or The Secret and Swift Messenger）、耶穌會士阿塔納斯・珂雪的《埃及的俄耳甫斯》以及其它作品、古斯塔夫・塞勒諾斯的《隱秘寫作和密碼》（Cryptomenytices et Cryptographiæ）。
一個典型的密碼扉頁，引自古斯塔夫・塞勒諾斯《隱秘寫作和密碼》。
在莎士比亞的《第一對開本》問世的隔年，一本關於暗號與密碼研究的重磅著作也跟著出版了。這本書的書名如上所述，它出版的這一年（1624）正逢玫瑰十字會論戰發生。這頁扉頁上的內容翻譯如下：
“古斯塔夫・塞勒諾斯的《隱密寫作和密碼》特別收錄了對斯龐海姆與符茲堡修道院長，特里特米烏斯的隱寫術系統的清晰解釋，他是一個貨真價實的天才。本書還穿插著作者與其他人的真才實學，1624年。”這本書的作者向來都被認為是不倫瑞克公爵塞勒諾斯。然而，裝飾在扉頁上的符號和標誌卻十分有力地表明了在這本書的背後有一位玫瑰十字會的好手。圖中的底部有一位貴族（培根？）正把他的帽子放在另一個男子的頭上。圖片頂部的那個橢圓中的可能是燈光，也可能是培根的名字。兩側的版畫都很醒目且微笑，它們皆是在暗示“莎翁”。左側的那位貴族（也許是培根）把一張紙遞給另一個人，後者的手裡握著一把長矛。到了右側，剛才還攜帶長矛的那人現在已經穿上了演員的戲服，他正策馬奔騰並手握號角。演員吹著號角又帶著長矛是很明顯的暗示，特別是因為長矛（spear）乃是“莎士比亞”（Shakespeare）這個名字的最後一個音節。
為了說明它們在結構和使用上的基本差異，各種不同形式的密碼在這裡可以大致分成七種：
1. 字面密碼（literal cipher）：所有字面密碼中最廣為人知的當屬培根在他的《論科學分類》（De Augmentis Scientiarum）裡所使用的雙字母密碼。培根在構思出這套系統時還只是一個住在巴黎的年輕人。雙字母密碼需要同時動輒兩種字體，由正常的字體充當表象，特殊的字體作為實質。兩種字體之間的差別在許多情況下還需藉助放大鏡才能發現。原來的密碼信息僅會隱藏在斜體的文字、句子或段落中，因為斜體字母比羅馬字母更華麗，為隱藏這輕微但卻必要的變化提供了很多方便。有時字母大小並不統一；也有時是在它們的厚度與花邊上做文章。據說培根後來還發明了兩套專門的羅馬字母，兩者的差異是如此微不足道，幾乎連專家都難以察覺。
如果仔細檢查四部《對開本》就會發現裡面到處都是雖然細微但仍可辨別的幾種不同密碼。所有的“莎士比亞”劇作都可能包含了貫穿全劇的密碼。這些密碼也許早在原版劇作中就已經添入，儘管《對開本》要比原稿的多一些，在某些情況下甚至為此添增了更完整的場景。
不過，雙字母密碼並不僅限於培根和“莎士比亞”的著作，而是在培根那個時代以及他死後的將近一個世紀都屢見不鮮。在題及雙字母密碼時，培根都會將它稱為omnia per omnia。這種密碼可以貫穿全書，甚至是在原作者不知情的情況下趁著印刷的時候置入，因為它不需要改動單詞或標點符號。這種密碼很可能曾出於政治原因而被插入17世紀的許多文獻跟書籍。婦孺皆知，出於同樣理由使用密碼的例子起碼可以追溯回尼西亞會議。
培根式的雙字母密碼在今天已不再吃香，這是由於現代已有通行的標準化字體，而且沒幾本書還是手工製做。本章稍後隨附的就是培根的雙字母表摹本，它曾經在1640年的英文版《論科學分類》中出現過。這樣的字母表有四套，兩套用於大寫字母，兩套用於小寫字母。這四者的差異需要被仔細琢磨，還要注意的是每套字母表都特別講究字母a或b，並且當讀到一單詞時，需察覺它的字母其實可以被一分為兩組：那些對應於字母a者，還有那些和對應於字母b者。為使雙字母密碼能夠奏效，一份文本必須得包含五倍於密碼信息的字母量，這是因為它需要用五個字母來隱藏一個。雙字母系統有點像是電報代碼，在電碼中字母通通會變成點和線；但是在雙字母系統中，點跟線的角色均是由a與b來代替。之所以稱之為雙字母，是基於字母表裡的所有字母都可以被化約為a與b這一事實。附圖會展示一個雙字母寫作的實例。為了說明這種密碼的運作原理，現在我們將以“得智慧勝似得金子”（Wisdom and understanding are more to be desired than riches）這句話為例來開始破譯其中的隱藏信息。
第一步是要找出字母表中的每個字母，並按照培根在他的雙字母表（見後圖）給出的提示來將它們ㄧㄧ替換成相對應的a或b。以智慧這個單詞來說，W屬於b字母表的範圍；所以它要被換成b。i屬於a字母表；所以它要被換成a。s也來自a字母表，但d屬於b字母表。o和m都算是a字母表，故皆得換成a。如此一來，Wisdom就變成了baabaa。然後依此類推來處理整句話的其它單詞，and變成aba、understandinh變成aaabaaaaaabab、are變成aba、more變成abbb、to變成ab、desired變成abaabaa、than變成aaba、riches變成aaaaaa。
第二步得將所有這些字母串在一起，如此：baabaaabaaaabaaaaaabababaabbbabababaabaaaabaaaaaaa。培根式雙字母密碼使用的字母都是五個為一組，因此這些實線的字母必須依照下面這樣的方式五五分：baaba aabaa aabaa aaaab ababa abbba babab aabaa aabaa aaaaa。每一組的五個字母現在都代表密碼中的一個字母，只要把這每一組與字母表對照著看就可以得到實際指涉的字母。這是從《論科學分類》摘出的雙字母密碼對照（見後圖）：baaba＝T、aabaa＝E、aabaa＝E、aaaab＝B、ababa＝L、abbba＝P、babab＝X、aabaa＝E、aabaa＝E、aaaaa＝A；但是單詞riches的最後五個字已被首字母r代表，於是後五個字母不計入密碼。這樣按照順序把這些字母加在一起，就獲得了TEEBLPXEE。
一個雙字母寫作的實例
請仔細注意上圖中句子的字母構形。將每個字母與從培根的《論科學分類》摘出的雙字母表中的兩類字母進行比較，看看“wisdom”的“d”和“and”的“d”，前者的頭頂上有一個倒鉤，後者則沒有。“wisdom”的“i”和“understanding”的“i”，前者的線條歪七扭八，後者則棱角分明。“desired”的“r”跟“s”也有顯著的差別。“more”的“o”與“wisdom”的“o”不同，前者的頭頂多出了一條伸向“r”的小線。“than”的“a”比“are”的“a”要更薄也更有型，“riches”的“r”與“desired”的“r”差在最後直直的一豎結束於一個團狀而非一個點。這些微小的差異透露了句子在書寫時其實遵循了兩套字母表。
到了這裡，讀者想必會合理地期待這些字母可以形成什麼可理解的單詞；但可能得讓讀者失望了，因為正如上面跑過的流程，如此提取出來的字母本身依舊是密碼，這麼做是為了給那些可能只是出於偶然才發現雙字母系統的人設下ㄧ道計中計。下一步就得要把這九個字母變成通常說的輪狀密碼（或圓盤密碼，見後圖），這種密碼是由兩套字母表構成，一套要圍著另一套轉起來，如此一來便可以進行大量的字母轉換。在隨附的圖片中，內圈字母表的A相對著外圈字母表的H，這些字母本身基於密碼用途可以被互相替換。F對應M、P對應Y、W對應D，事實上所有字母都可以按照這兩個圓圈的方式來互換。因此，從雙字母密碼提取出的九個字母還可以通過輪狀密碼換成另外九個字母。這九個字母屬於圓圈的內圈，可與它們在外圈的對應對象交接。經過這個過程，T變成A、兩個E變成兩個L、B變成I、L變成S、P變成W、X變成E、兩個E變成兩個L。答案就是ALLISWELL，拆成單詞後即為：“一切都好”（All is well）。
雙字母密碼索引，引自培根《論科學分類》。
當要解譯的文本已經被化約成“a”與“b”後，接下來就要將其分成五個一組，並藉助上圖的圖表來理解信息。
一份現代的輪狀或圓盤密碼
上圖的圖表是一個輪狀密碼，較小的或曰內圈字母表要隨著較大的或曰外圈字母表一起轉動，好使兩圈中的任一個字母都可以找到對應對象。在有些情況下，內圈字母表會向後寫，但上圖的例子中的兩圈都是同樣方向。
當然，透過移動輪狀密碼的內圈，還可以產生除了上述那一個之外的許多字母組合，但只有那一個唯一可理解的，也就是說密碼學家必須持續進行實驗直到他發現具有邏輯和可解理性的信息，然後他便可以有理地確信自己已經破譯了這一套系統。培根曾以多種不同的方式應用雙字母密碼。在“莎翁”劇作中應用的不同系統有的是如此複雜，以至於幾乎可能永遠難以破譯。那些比較容易解決的有時是必須代換a與b；也有時隱藏的信息需要被倒過來讀；還有所有字母要被重新計算，不勝枚舉。
雙字母表，引自培根《論科學分類》。
這幅圖片是翻印自培根的《論科學分類》，其中展示了他為了用作密碼所設計的兩套字母表。每個大寫和小寫字母都有兩種不同形式，分別被以“a”與“b”表示。雙字母系統並不是每一次都會用上兩套字母表，兩套字母表彼此之間的差異就與圖中顯示的區別一樣明顯，不過通常都是兩套並用沒錯；有的時候這種差異實在太過微小，所以不得不依靠放大鏡才能確定“a”和“b”兩類字母的區別。
字面密碼還有其它形式，譬如讓字母依照預先規劃好的順序相互替換。最簡單的形式就是把兩套字母表寫成這樣：
| A | B | C | D | E | F | G | H | I | K | L | M | N |
| Z | Y | X | W | U | T | S | R | Q | P | O | N | M |
| O | P | Q | R | S | T | U | W | X | Y | Z | ||
| L | K | I | H | G | F | E | D | C | B | A |
藉由將較低字母表中的字母替換成較高字母表的對應對象，本來毫無意義的一堆字就會在反轉的過程中顯露出隱藏信息。還有一種字面密碼形式是實際密碼被寫在文本中，但卻有不重要的單詞被按著預先安排好的順序插入重要的單詞之間。還有的字面密碼是俗稱的離合詩簽名——亦即利用每一行的第一個字母來做藏頭文，更複雜的離合詩則是讓重要的字母散落在整個段落或章節。隨附的兩幅煉金術密碼圖例是另一種形式的字面密碼，其使用的是藏頭法。基於字母表中的字母排列或組合的密碼都被叫做字面密碼。
2. 圖畫密碼（pictorial ciphers）：撇除其最淺顯的含義，其實任何圖片或繪畫都可以被看作是圖畫密碼。圖畫密碼的實例在埃及人的象徵主義與早期宗教藝術中是信手捻來。煉金術士和赫耳默斯哲學家的圖繪也時常都是圖畫密碼。圖畫密碼除了最簡單的形式，還有另一種更為技術性的方式是以牆壁上石頭的數目、飛鳥的翅膀擺幅、水面上的漣漪或陰影的長度跟陰影線的順序來隱藏單詞或字母。這種密碼往往遁陰匿景，必須倚靠獨斷的測量標尺進行解碼，以及依據線條的長度來確定是否有隱藏的字母或單詞。建築物的形狀或比例、塔樓的高度、窗戶上的柵欄數目、角色衣服的皺褶——還有人體比例或姿態——這些都可被用於隱藏明確的數字或字符，而它們又能被瞭解代碼的人替換成字母或單詞。
名字的首字母會被隱藏在建築物的拱門和跨度裡頭。一個值得一提的例子就是蒙田的《隨筆集》第三版，在它的扉頁上有一個由兩個拱門形成的B和一個殘破的拱門形成的F。圖畫密碼有時候也與解讀它們所需的鑰匙形影不離。一個角色可能會伸手指向密碼的起始點，或是拿著ㄧ些測量該系統會需要用上的工具。還有一種很常出現的情況是，密碼學家透過把帽子擺反、把劍放在錯誤的一邊或盾牌放在錯誤的一手及其它類似的技巧，好故意扭曲或在他畫中的一些人物的著裝上使詐。備受爭論的拉斐爾《西斯廷聖母》中教宗的第五根手指，還有他的另一幅《聖母的婚禮》裡約瑟的第六根腳趾都是在狡猾地隱藏密碼。
3. 秘傳密碼（acroamatic cipher）：所有國家的宗教與哲學著作都充滿了秘傳密碼，亦即比喻和寓言。秘傳密碼的獨一無二之處在於包含它的文本可以被翻譯或重印，卻不會影響密碼。比喻與寓言自古以來就是一種極富吸引力且淺顯易懂的道德教訓方式。秘傳密碼可以說是將圖畫密碼轉變成白紙黑字，它的象徵含義也必須被由此入手解釋。猶太人的《舊約》和《新約》、柏拉圖與亞里斯多德的著作、荷馬的《奧德賽》和《伊利亞德》、維吉爾的《埃涅阿斯記》、阿普列尤斯的《變形記》、伊索的《伊索寓言》都是秘傳密碼的傑出例子，它們都隱藏著古代神秘哲學最深刻且崇高的真理。
秘傳密碼也最為微妙，因為比喻或寓言本身很容易受到不同解釋的影響。數個世紀以降的《聖經》研究者都可沒少碰過這種困擾。他們最後都僅止於採取比喻的道德解釋，卻忘記了每個比喻和寓言至少都有七種解釋，其中第七種——也是最崇高的一種——最包羅萬象，其它六種（及較次的）的解釋都是零碎的，只揭示了奧祕的一部分而已。創世神話是秘傳密碼的體現，萬神殿的各路神祇也都是密碼式的角色，如果能夠正確地理解，他們就會化為神聖字母表的組成部份。只有屈指可數的啟蒙者理解這份字母表的神聖本質，但還未啟蒙的芸芸眾生卻會把它們奉若神明。
一個煉金術密碼，引自布朗《化學的歷史》。
詹姆斯・坎貝爾・布朗重印了一個源出自珂雪的奇怪密碼。外圈七個單詞的首字母若從順時針讀去，便會得出單詞SVLPHVR。以同樣的方式閱讀第二圈，得到FIXVM。內圈六個單詞的首字母經過正確排列會產生出ESTSOL。這樣就有了結果：“Sulphur Fixum Est Sol”，翻譯過來就是：“固態的硫是黃金”。
一個煉金術密碼，引自《玫瑰十字會秘錄》。
從最開始的單詞VISITA順時針閱讀，外圈七個單詞的首字母為：VITRIOL（硫酸鹽）。這是一個非常簡單的煉金術謎語，但還是得提醒那些研究赫耳墨斯主義、玫瑰十字主義、煉金術和共濟會作品的人，務必要始終留意隱藏在寓言與比喻，或數字、字母、單詞的密碼式編排中的隱藏信息。
對神聖與自然正義的密碼式描述，引自塞勒諾斯《隱秘寫作和密碼》。
第一個圓圈繪畫的是正義的神聖前因、第二個圓圈是普世的正義框架、第三個圓圈是人間的正義裁決的後果。所以，第一圈涉及神聖原則，第二圈涉及世俗事務、第三圈涉及人類。坐在圖中最頂端的是泰美斯（Themis），她是法律的主導精神，在她的腳下還有三個女王——朱諾、密涅瓦、維納斯——她們的長袍都雕飾著幾何圖形。法律的軸心從位居在上的神聖正義寶座一直貫穿至位居底下的人間正義寶座。在後者的寶座上坐著一位手握權杖的女王，在她面前站著雙翼女神涅墨西斯（Nemesis）——她是正義的天使。
第二圈被兩組各兩條的水平線劃分成三個區域，較亮的上部是崇高之地（Supreme Region），乃眾神、善靈和英雄們的居所。較暗的下部是慾望、罪惡與無知的居所。介於兩者之間的較大部份則混合了來自兩者的力量與衝動。
第三或說內圈屬於人類，人是一個十重生物，其由九個部分構成——三個是精神、三個是智慧、三個是靈魂——它們全都被涵括在一副身軀中。根據塞勒諾斯，的人三個靈性品格分別是思想、言說和行動；三個智慧品格是記憶、知性與意志；三個靈魂品格是理解、勇氣及欲求。第三圈亦分三個部分，皆稱時代：明亮的上部是彰顯靈性真理的黃金時代、昏暗的下部是靈性盡失的黑鐵時代、還有青銅時代——這個兩者的複合體佔據了內圈的整個左半部分，而它自己又可再分成三部分。青銅時代的最低部分描繪了被武力統治的無知者、中部是因為法理而漸漸開竅的覺醒者、上部是為愛所充滿的靈性啟蒙者。第二與第三個圈都圍繞著法律的軸心，但是法律的神聖源泉——天上的正義——卻被雲遮住了。版畫上的所有象徵與角色都是在深入闡述這裡概述的原則。
4. 數字密碼（numerical cipher）：還有許多密碼是產生自數字，它們可以依照繁多的順序組合來取代字母、單詞甚至是完整的思想。數字密碼的閱讀方式通常取決於特別設計好的通信表。《舊約》的數字密碼非常錯綜複雜，所以僅有少數精通拉比傳說的學者願意嘗試揭開它們的神秘面紗。阿塔納斯・珂雪曾在他的《埃及的俄耳甫斯》中提過ㄧ些阿拉伯人提出的卡巴拉理論，另外畢達哥拉斯學派的奧祕也有很大一部分被隱藏在希臘神秘主義者以數字替代字母的流行秘密手法中。
最簡潔的數字密碼是將字母表的字母轉換成正常順序下的數字。因此A會變成1、B變成2、C變成3，依此類推，I和J都是9，U和V都是20。“是”（yes）在這個系統裡被寫成23-5-18，更複雜的方式還包括將字母表倒過來，所以Z會變成1、Y變成2、X變成3，如此這般。通過在每個重要的數字之間插入不重要或無需計入的數字也可以更有效地藏起密碼，像是：23-16-5-9-18。必須先消除掉第二和第四個數字之後，才能找到“是”這個單詞，23、5、18相加即為46，因而46是單詞“是”的等值數字。根據這套簡單的數字密碼，“仔細注意”的相等數值是138，所以在一本使用這套方法的書中，第一百三十八行或頁或段落都可能會藏有隱藏信息。除了這個容易的數字密碼，還有其它更為棘手的版本，如果沒有竅門幾乎無人可以破解。
有的作家會以與他們名字等值的數字來設計密碼；比如培根就經常使用密碼數字33——與他的名字等值。數字密碼大多會選擇在一本書的頁碼上動手腳，標注有錯的頁碼雖然一般會被歸咎於粗心大意，但其往往也是在刻意隱瞞重要秘密。1623年的“莎翁”《第一對開本》及其同時代的許多印刷品都一再發生過這種錯誤，這引起了不少學者與密碼學家的遐想。在培根式密碼中，所有尾數是89的頁碼似乎都擁有特殊意義。1623年的“莎翁”《喜劇集》第八十九頁就出現了其中一種典型的頁碼錯誤，頁碼上的“9”的字體明顯比“8”小得多。第一百八十九頁的頁碼完全不見蹤跡，同時有兩頁都被標成第一百八十七頁；第一百八十八頁的第二個“8”則幾乎不及前一個的大小一半。第兩百八十九頁有正確地頁碼，而且沒有其它任何不尋常之處；但《歷史劇》的第八十九頁還是不見了。培根發表的幾本著作少不了相同的紕漏，第八十九頁亦是犯錯座上賓。
還有一種數字密碼是每十個、二十個或三十個單詞提取出來計算一次，從而求得密碼信息。在有些情況下這種計算方式甚至毫無規則。第一個重要的單詞可以藉由算出100來找到、第二個是90、第三個是80，就這樣一直持續到10。然後再重新回到100，並重複該過程。
5. 音樂密碼（musical cipher）：切斯特主教約翰・威爾金斯在1641年以匿名的身份發表了一篇題為《墨丘利或秘密的飛毛腿信使》的論文。在這部主要內容都是取材自特里特米烏斯和塞勒諾斯的短論中，這位作者提出了一種可以讓音樂家私下互相溝通的音符與字母互換法。理解代碼的兩個人只需利用鋼琴或其它樂器來演奏特定音符，便可以達到互相交談的效果。音樂密碼擁有很不可思議的優點，即它只要透過某些系統就可以沿用早已存在的音樂曲目，並在改變其內容的情況下隱藏密碼。音符的符尾（pennants）就能用來隱藏密碼，或是把實際的音符聲音類比為相似的聲音音節。後一種方法更為管用，但使用範圍有限。培根有幾部音樂作品被保存到了今天，如果對它們仔細研究或許也會揭示出音樂密碼的存在，畢竟培根很顯然極為熟悉它們的構造方式。
6. 任意密碼（arbitrary cipher）：這種將字母與象形圖案直接轉換的系統因為太容易破易所以不是很受歡迎。艾伯特・派克敘述過一種基於聖殿騎士團的十字徽記各部分所形成的任意密碼，其中十字上的每個角度都代表一個字母。然而，很多稀奇的字母表卻會因為重複性（table of recurrence）而變得毫無意義。按照偉大的密碼學家愛倫・坡的說法，最常見的英文字母是E，其它字母按出現頻率多寡排列的順序為：A、O、I、D、H、N、 R、S、T、V、Y、C、F、Q、L、M、W、B、K、P、Q、X、Z。也有人主張順序應該是：E、T、A、O、N、I、R、S、H、D、L、C、W、U、M、F、Y、G、P、B、V、K、X、Q、J、Z。通過計算每個字符出現在信息中的次數，重複性法則就會暴露這些任意字符代表的英文字母。進一步的做法還有如果將密碼拆分成單詞，那麼就找出三個最可能形成單詞的字母：A、I、O。這麼一來，文本的任意單個字符都可能與這三者的其中一個有關。有關這套系統的詳細，可以參閱愛倫・坡的《金甲蟲》（The Gold Bug）。
不過，為了令任意密碼變得更難解，這些字符其實很少會被設計成拆分為單詞，更絕的是為每個字母分配兩個或更多的字符使重複性法則部分失效，這樣就無法準確地計算重複最高者的比率。所以，用於代表任一字母的字符只要數量越多，任意密碼就會越難破譯。古人的秘密字母表相對容易解開，所需的必備條件頂多只有重複性法則、對該原文密碼語言的認識、充沛的耐心以及一點點聰明才智。
7. 代碼密碼（code cipher）：最現代的密碼形式是代碼密碼，與它最相近的就是電報與無線電通信常用的摩斯密碼。如果將文本中的點跟線變得更具體，如把句號和冒號變成點，逗號和分號變成線的話，那麼這種形式的密碼也會變得更不容易解開。商務世界的代碼只能透過私人的密碼簿來解譯，那是一種既經濟又實惠的機密傳訊方式，這種代碼的使用普遍程度可能遠超一般人的想像。
卡巴拉與魔法字母表，引自巴瑞特《魔法師》。
早期與中世紀的哲學家為了隱藏他們的學說與信條不被褻瀆，所以發明了各種奇形怪狀的字母表。其中有些字母表至今仍被ㄧ些共濟會的較高等級有限度地使用。最有名的一個恐怕就是天使字母（angelic writing），它在上圖中被叫做“使者文字”（The Writing called Malachim），據推測它的形象應該是參考自星座。神秘哲學的高深學子會編寫許多極有價值的文獻，它們都會運用到這些文字。每一套字母表的每個字母都有它在下方相應的英文字母。其它三套字母表的上方則有對應的希伯來字母。
隱寫術的系統其實除了上述的以外還有很多，有些會用上機械設備，有的仰賴顏色。還有少數人會選擇利用雜亂無章的物品來表達單詞或完整的思想。不過這些更為複雜的機制很少被古代或中世紀哲學家和煉金術士用到，它們與宗教跟哲學亦沒有直接關係。中世紀的神秘主義者借用各種技藝與科學的術語發展出了一套掩蓋人類靈魂奧祕的密碼系統，化學、生物學、天文學、植物學以及生理學的措辭都被拿來用作遮掩。這種性質的密碼只可能被精通哲學原理的人破解，中世紀神秘主義者的理論就是奠基於這些原理。關於人類的無形本質的大量信息似乎都被隱藏在化學實驗或科學假設的面目之下，因此任何想要研究象徵主義與哲學的人都更應該要熟悉密碼學的基本原理；除了能對他的研究有所助益，這門技藝本身就是一種培養敏銳洞察力的迷人方法。辨別力與洞察力皆是渴求獲得知識的追尋者所不可或缺的，與此同時作為激發這些能力的手段，也沒有任何一門研究能與密碼學相提並論。
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