玫瑰十字會是何許人也？究竟它們是一夥反抗他們那個時代的專斷宗教和哲學侷限的高深思想家組成的組織，還是只不過是一群彼此在觀點與論證上遙遙相望的超驗主義者？那棟根據他們的宣言，每年要在那裡聚首一次好共商日後大計的“聖靈之屋”（House of the Holy Spirit）又到底在哪裡呢？那位被尊為“我們的卓越之父與兄弟C.R.C”的神秘人士是何方神聖？這三個字母真的是代表“克里斯蒂安・羅森克魯茲”（Christian Rosie Cross，字義為基督徒玫瑰十字——譯注）？正是據稱撰寫了《化學婚禮》（Chymical Nuptials）一書的羅森克魯茲和另外三個人一起創立了“玫瑰十字會”，真是這樣嗎？
玫瑰十字主義（Rosicrucianism）與中世紀共濟會有怎樣的關係？為什麼這兩個組織的命運如此密不可分？是否就是玫瑰十字會在千方百計地將中世紀共濟會與古代的象徵主義和神秘主義串聯在一起，然後它的秘密又被現代共濟會延續下來？最初的玫瑰十字會是在18世紀末就解散了，還數說該組織至今仍然存在，並依舊保有著它當初得已名震天下的秘密？玫瑰十字會成立的目的到底是什麼？玫瑰十字會是否真如其自稱的那樣是一個宗教與哲學兄弟會，又或者它們的公開宗旨只是為了掩蓋兄弟會的真實算盤，比如從政治上徹底控制歐洲？這些都是在研究玫瑰十字會時會涉及的一些問題。
對於玫瑰十字會之謎有四種不同的理論。其中任何一種都是學者們研精極慮後的結果，他們幾乎都投注了一生在研究有關赫耳墨斯傳說的文獻。由此得出的結論非常清楚地表明，關於玫瑰十字會的起源與早期活動的現有記錄實在是乏善可陳。
第一個假說
玫瑰十字會在歷史上存在過的依據就是那份披露了它的來歷和未來冀望的《兄弟會傳說》，據說它寫於1610年，但顯然是直到1614年才正式發表，即使有些專家懷疑還存在更早的版本。要想明智的思慮玫瑰十字主義的源起，首先需要的就是對這身為第一份也是最重要的文獻有透徹瞭解。《傳說》一開頭就先向全世界提醒上帝的善良與慈悲，接著它告誡那些知識份子說，他們的傲慢和貪婪將會導致他們被假先知玩在手掌心裡，並且忽略上帝帶著至善向他們啟示的真實知識。因此，現在該是改革的時候了，為此上帝才特意培養了一群哲學家與聖賢。
為了實現這場改革，一位出生在德國的貴族家族子嗣，但本身仍不名一文的名叫“卓越之父C.R.C”的神秘人士發起了“玫瑰十字會”。C.R.C在五歲的時候就被送進修道院，但他後來對那裡的教育制度愈發不滿，於是他搭上了聖團的弟兄，跟著他們一同前往聖地朝聖。他們一起出發，但這位兄弟卻在塞浦路斯就先駕鶴西歸，這下C.R.C只能獨自繼續踏上前往大馬士革之路。由於健康欠佳使他無法抵達耶路撒冷，所以他最後選擇留在大馬士革，拜當地的哲學家為師。
在這段求學期間，他聽聞在神秘的阿拉伯城市達姆卡（Damcar）住著一群神秘主義者和卡巴拉主義者。放棄拜訪耶路撒冷後，他便在阿拉伯人的帶領下來到了達姆卡。C.R.C在踏上達姆卡時才年僅十六歲。他在那時就已經受到眾所矚目，是哲學的同道中人，之後他還被教導了阿拉伯秘傳家的秘密。C.R.C在那裡學習阿拉伯語，並將聖書M（book M）翻譯成拉丁文；後來他便帶著這份重要的卷宗返鄉歐洲。
C.R.C在達姆卡學習了三年，接下來他繼續前往菲斯市（Fez），接受當地阿拉伯魔法師更深入的諄諄教誨。在菲斯，他被教導該如何與元素中的居民（可能是自然精靈）溝通，這使得他領悟了很多大自然的偉大奧祕。即使菲斯的哲學家還不如達姆卡，但過往的經歷令C.R.C能夠明辨是非，也讓他的學識可以更上一層樓。
在菲斯待了兩年後，C.R.C乘船到了西班牙，同時他還帶著許多寶物，包括他在遊歷期間收集的稀有植物與動物。他本來真心期待歐洲的學者會滿懷感激地收下他帶給他們的那些不可多得的知識與物質瑰寶。沒想到事與願違，他只迎來一陣訕笑，因為這些所謂的飽學之士不肯承認自己以前的無知，為免他們的聲望受損。這裡還要額外提一件事，儘管不是玫瑰十字會員，不過帕拉塞爾蘇斯曾經讀過M書，從中深深受教的他就是因而成為了中世紀歐洲最首屈一指的醫生。
眼看著自己儘是在白費力氣，C.R.C雖然深感厭倦卻不氣餒，他就這樣回到了德國並在那裡蓋了一棟房子，在那兒他可以不受叨擾地埋首學習與研究。他為了進行研究還製做了許多珍稀的科學儀器。雖然如果他能將自己的知識商業化，他本來可以使自己飛黃騰達，但他顯然更喜歡上帝的陪伴勝於人們的欽佩。
經過五年的隱居，他終於決定重新開始為復興他那個時代的藝術和科學展開鬥爭，這次他有了一些值得信賴的戰友。他過去在修道院的時光讓他結識了三位兄弟，他讓他們發誓會誓死保護他要傳授的秘密，並為後人的福祉著想寫下他宣示的信息。這四個人就這麼創立了玫瑰十字會，他們為其特地發明了秘密的密碼語言，而且根據《傳說》，他們甚至編纂了一部偉大的字典，其中所有形式的智慧都被歸功於榮耀的上帝。他們也開始了M書的抄寫工作，但這項任務一點也不輕鬆，因為他們還要一邊忙著為大量的病人治病。
黃金玫瑰十字架，引自《玫瑰十字會祕錄》（Geheime Figuren der Rosenkreuzer）。
據說這個十字架是用靈性黃金煉成，每位兄弟都會把它戴在胸前。它的上面有鹽、硫磺和汞的煉金術符號；同時還有一顆代表行星的星星；在它的周圍有四個字，分別是信仰、希望、愛與耐心。雙頭鷹或鳳凰是在巧妙地預示著人類最終的雌雄同體狀態。玫瑰十字會的煉金術關注的不僅僅是金屬而已，人類自己的身體就是煉金術實驗室，除非他能夠通過將無知的賤金屬銳變為智慧且通識的純金來完成至高的嬗變實驗，否則無人可以達到玫瑰十字會的境界。
他們還一起蓋好了那棟更新也更寬敞的“聖靈之屋”，之後他們決定為兄弟會再招募四名新成員，因此現在會員的總人數有八人，其中七人是德國人。他們每個人都沒有結婚，不懈工作的他們很快就完成了擬定文獻、訓令與社團奧祕的艱辛準備。與此同時，他們對聖靈之屋做好了最好的整頓。
然後他們開始互相遠走高飛去拜訪世界上的其它國家，這麼做為的不只是要把他們的智慧傳授給應得的人，同時也是為了要檢驗並糾正自己的學說中可能存在的任何錯誤。這些兄弟們在離別前約定了六條規則或附則，每個人都誓言要確實遵守。第一條規則，他們應該免費為病人行醫而不貪圖任何名利、第二條規則，從此以後他們永遠都不應穿著專門的長袍或服飾，反而應該遵循他們落腳的國家的風俗、第三條規則，他們每年都要擇日在聖靈之屋重聚，如果因故無法出席也應該捎來一封書信、第四條規則，每個人在最後終老前都要誘掖一位可以接替自己的後進、第五條規則，“R.C”將成為他們的印章、標記及字符、第六條規則，兄弟會每隔一百年都必須消失在世人面前。
在他們通通宣誓後，五位兄弟率先朝著遙遠的異國出發，另外兩人也在一年後跟進，只有C.R.C一個人留在了聖靈之屋。他們年復一年帶著喜悅重聚，因為他們已經悄悄而真誠地向世上的智者宣揚了他們的教義。
當這個社團的一位元老在英格蘭去世後，他們便決定要將埋葬地點徹底保密。就在C.R.C與剩下的六人團聚後不久，據說他為自己準備了一座象徵性的墳墓。據《傳說》所說，沒有一位在這份文獻正在起草時還在世的兄弟知道C.R.C是在何時死去，或他的安息之處又是在哪裡。他的遺體在他逝去一百二十年後被意外發現，當時有一位具有相當的建築本領的兄弟正打算對聖靈之屋進行一些翻新（所以只能懷疑墳墓就在這棟房子裡）。
在動工翻新的時候，這位兄弟發現了一塊碑文，上面刻著社團早期成員的名字。他原本想要把這裡重建成一座氣勢磅礡的教堂，那時沒有任何人曉得C.R.C究竟是在哪個國家過世，因為原始成員隱瞞了這件事。在試圖拆除被大釘子釘牢的石碑時，牆上的一些石塊和灰泥也隨之剝落，結果竟使得一扇隱藏在石磚中的暗門重見天日。社團的成員們立刻清除掉其餘的瓦礫，讓通往墓穴的入口顯露了出來。這扇門上寫著斗大的幾個字：POST CXX ANNOS PATEBO。根據他們所做的神秘解讀，它的意思是：“一百二十年後，我將現身。”
這扇門在第二天早上被打開，成員們紛紛走入了這個有七邊七角的拱頂之下，其每邊寬五英尺高八英尺。儘管太陽從未照射過這座墳墓，但它卻被天花板上的神秘光線照耀著。在中心處有一座圓形祭壇，上面有刻寫奇怪字符的銅板。七個牆面中的每一面都有一扇小門，開啓後裡面有很多裝滿書本、秘密指示和據說已經失傳的兄弟會秘密的箱子。
再將祭壇移動到另一側後，原有的銅蓋被跟著打開了。在裡面保存著一副遺體，應該就是C.R.C本人，縱使他已經躺在那裡有一百二十年，可是仍然保存極好，簡直就像是才剛下葬不久。他身上裝扮了飾品並盛裝著社團的長袍，他的一隻手摟著一張神秘的羊皮紙，在它旁邊還有一本《聖經》，這是這個社團最重要的財產。對密室徹底調查完畢後，銅蓋與祭壇被重新歸位，拱門也被再次封閉，兄弟們從此走上各自的道路，他們的精神與信仰都被自己親眼所見的奇蹟大大鼓舞了。
這份文獻最後說道：“遵照卓越之父C.R.C的意願，《傳說》已經準備就緒並以五種語言分送給全歐洲的智者，好讓他們每個人都可以知道並瞭解令人敬畏的兄弟會的秘密。所有為了榮耀上帝而勞動的誠摯靈魂都會被受邀與兄弟們溝通，他們的懇求也務必會被聽見，無論他們是在何處又是如何表達自己的意願。然而，那些自私和別有用心的人請謹記，任何企圖找到兄弟會卻又沒有純淨之心與高潔之智的人，最後只會落得悲傷與痛苦作伴的下場。”
以上就是《兄弟會傳說》簡化過後的故事內容。那些接受它的人真心相信卓越之父C.R.C是玫瑰十字會的創始人，一般相信他是在1400年建立了組織。事實上，能夠確證《傳說》的歷史證據從未被發現過，真相與理論似乎顯得背道而馳。沒有證據能夠證明C.R.C接觸過西班牙學者，神秘的達姆卡也從來沒有被找到，更沒有任何記載能證實德國的哪個地方曾蜂擁過大量的病患，以及他們又被神秘的治癒。A.E・偉特的《共濟會的秘密傳統》（The Secret Tradition in Freemasonry）收錄了一張C.R.C的畫像，畫中的他留著垂到胸前的長鬚，坐在點著蠟燭的桌前。他的一隻手撐著頭，另一隻手的食指指尖則停在一座人類骷髏聖殿上面。但是這幅圖畫（請參閱那本書的插圖）並不能說明什麼。除了他自己社團的成員之外無人見過C.R.C，但他們也沒有留下對他的描述。他的名字克里斯蒂安・羅森克魯茲是最不可能的，因為這兩個詞彙在《化學婚禮》問世前都不曾被合著用過。
第二個假說
那些考察過這個主題的共濟會兄弟接受了玫瑰十字會的史實性，但他們對這個組織的起源卻眾說紛紜。有一派人主張它源於中世紀的歐洲，是煉金術學說的產物。33級的共濟會員羅伯特・麥基認為德國神學家約翰・瓦倫廷・安德烈（Johann Valentin Andreæ）才是真正的創始人，他也相信現存的這個組織可能只是對阿格里帕過去創立的社團的復興與擴大。有些人斷言玫瑰十字主義代表了歐洲人對佛教與婆羅門文化的第一次侵襲。還有人深信玫瑰十字會誕生於埃及帝國的哲學登峰造極的時候，而且它還傳承了古代波斯和迦勒底神秘學派。
在他的《啟示的曙光》中，戈弗雷・希金斯寫道：“德國玫瑰十字會對它們自己的來歷一問三不知；可是根據傳統，那些人自認是埃及人、迦勒底人、波斯賢士和天體學派（Gymnosophists）的後人。”（最後一者是亞歷山大大帝的追隨者對一群在印度河邊裸身冥想的智者的稱呼）這些各說各話的人仍然達成了一個共識，那就是C.R.C的故事就好比共濟會的海勒姆・阿比夫傳說，是一個不應被從字面上去解釋的寓言。《聖經》的研究者也要面對類似的問題，他們會發現要證實經文內容的史實性不僅非常困難，甚至在大部份情況下是根本不可能。
玫瑰十字會被認為是一個抱有哲學與政治之雙重目的的秘密社團，一個成員遍及歐洲各地的組織居然可以在數個世紀間持續不為人知是很不簡單的。縱然如此，這似乎難不倒玫瑰十字會。有許多學者和哲學家，包括弗朗西斯・培根爵士與沃夫岡・歌德都曾被懷疑與該組織有關，但證據始終無法堅實到令實事求是的歷史學家滿意的程度。假冒的玫瑰十字會員當然也很多，但這個“未知哲學家古老秘社”（Ancient and Secret Order of The Unknown Philosophers）的真正成員都帶著他們的名字走入了墓裡；直到今日，他們仍舊不曾被人知曉。
在中世紀湧現了非常多據稱是出自玫瑰十字會筆下的論文，不過它們幾乎都是冒名，通常都是那些恣意妄為之人出於私利，才會利用玫瑰十字會這個崇高而神奇的名字以期能獲得宗教或政治權力。這種情況無疑使得調查該組織的工作變得難上加難。有一群偽玫瑰十字會員甚至為其成員獻上了一條黑繩子，他們可以藉著它來辨識彼此的身份，並且他們還被警告說如果他們打破保密誓言，這條繩子就會反過來勒死他們。玫瑰十字主義的原則只有很少出現在文學作品中，這是因為它的原始成員對組織原則和活動的紀錄本來就很零碎。
在《玫瑰十字會的秘密象徵》裡，弗蘭茲・哈特曼博士形容玫瑰十字會是“一個擁有超凡能力的秘密社團——如果不是超自然力量的話；據說那些人可以預言未來的事件，他們深明大自然最深奧的奧祕，還能將鐵、銅、鉛或汞轉變成黃金，煉製生命靈藥或萬靈丹，服用這帖藥劑就可以令他們永葆青春與剛毅；此外，他們據聞還能號令自然界的元素精靈，並熟知賢者之石的秘密，這種物質讓他們掌握了全能、不朽且崇高無上的智慧。”
被釘上十字架的玫瑰
玫瑰十字會的原始象徵是一朵被釘上十字架的象形玫瑰。十字架通常是擺設在以三個台階代表的基督受難地。有時十字架從玫瑰上升起的符號會與它們的活動有關。玫瑰十字會的玫瑰也出現在了亞瑟王的圓桌上面，並且它亦是牽涉嘉德勳章中的寶飾“偉大喬治”（Great Geroge）的中心主題。哈格雷夫・詹寧斯就懷疑嘉德騎士團與玫瑰十字會可能有些聯繫。
這位作者還進一步定義玫瑰十字會員就是“一個歷經靈性覺醒，已經獲得了對玫瑰與十字架的秘密意境的實踐知識的人。稱一個人為玫瑰十字會員並不會真的改變他，同理稱一個人為基督徒也不會真的讓他成為基督。真正的玫瑰十字會員和共濟會員不能被塑造；他必須透過自己內心神聖力量的擴張與展現才可以成就。對這一真理的疏忽，導致了許多教會跟秘密社團變得遠遠名不副實。”
玫瑰十字主義的象徵性原則是如此高深，以至於即使在今天它也鮮受賞識。玫瑰十字會的圖表和圖解都與重要的宇宙原則有分不開的關係，與那個時代大行其道的狹隘正統派相比，它們的哲學理解著實令人耳目一新。按照現有的記錄，玫瑰十字會員是基於互相的志向而非兄弟會的律令才被約束在一起。這些玫瑰十字兄弟在日常生活中往往不引人注意，他們在各行各業裡辛勤工作，絕不向任何人洩露他們的秘密關係——在許多情況下甚至連對自己的家庭也不例外。在C.R.C去世後，大多數的兄弟似乎就再也沒有了中央會面場所。社團的啟蒙儀式受到了滴水不漏的保守，可說是從來都沒有被揭露過。不過可以想見，它是被用化學術語來表達。
再怎麼努力想要加入這個組織終究是徒勞，因為向來都是玫瑰十字會在挑選它們的門徒。在一致認可了某位被相信能益於組織的人後，它們會用多種神秘方式與他進行聯繫。這個人可能會收到一封匿名或印有特殊封章的信，上面通常會有“C.R.C”或“R.C”。然後他會被指示要在約定時間前往某個地點。雖然會有很多來自他的後期著作的例子顯示他的生活出現了新的影響，加深了他的理解並拓展他的智慧，但他絕不會透露自己領受的內容。佇著玫瑰十字兄弟的威嚴，有些人會以寓言的方式寫下他們的所獲。
煉金術士偶爾會在他們的實驗室被神秘的不速之客拜訪，這些人會對赫耳墨斯技藝的秘方侃侃而談，他們在披露完某些流程後就會一走了之，不留痕跡。其他人還宣稱玫瑰十字兄弟是通過夢境和幻象來與他們進行交流，趁著他們酣睡的時候傳授秘密的赫耳墨斯智慧。在接到指示後，受選者不僅要對那些他學得的化學公式守口如瓶，就連他如何獲得它們的方式也得如此。儘管這些無名的諳練者會被合理懷疑是玫瑰十字兄弟，但這永遠無法證明，所以受訪者只能留下懸問。
很多人懷疑玫瑰十字會的玫瑰是埃及人與印度教的蓮花的象徵化，並且具有與之相同的古老含義。創作《神曲》的但丁很明顯相當熟悉玫瑰十字主義，艾伯特・派克在他的《道德與教條》中對此做出了這段重要的聲明：
“他的地獄是一個負面的煉獄。他的天國由一系列卡巴拉圓圈構成，並被十字架分隔，就像以西結的五芒星（Pantacle of Ezekiel）。在十字架的中心綻放著一朵玫瑰，這是我們第一次看見玫瑰十字的象徵被公開闡述，而且幾乎是直截了當的釋義。”
一直以來人們都在揣測玫瑰十字會這個名字究竟是直接來自玫瑰十字這個象徵符號，還是這不過是一道欺騙外人好隱瞞這個組織的真正意義的障眼法。戈弗雷・希金斯就認為玫瑰十字會一詞並不是源於花朵，而是單詞Ros，它的意思是露水。有趣的是，Ras這個單詞代表智慧，而Rus則有隱瞞之意。所有這些毫無疑問都奠定了玫瑰十字會的象徵主義。
A.E・偉特與戈弗雷・希金斯都相信，借助露水來製造賢者之石的手法就是玫瑰十字會這個名字隱藏的含義。此處提到的露水可能是人類大腦中的一種神秘物質，這與煉金術士描述得露水非常相似，據說這種露水是從天國傾瀉，救贖大地。十字架象徵人體，當這兩個符號被合而為一——把玫瑰置於十字架之上——這就意味著把人的靈魂釘在肉體這個十字架上，還有三根釘子負責固定。
玫瑰十字會象徵主義極可能是埃及赫耳墨斯秘密原則的延續，同時這個未知哲學家秘社更是將現代共濟會及其各式象徵，與象徵主義的源頭埃及赫耳墨斯主義串聯起來的真正紐帶。在《卡巴拉學說和文學》（Doctrine and Literature of the Kabalah）裡，偉特提出了一個重要的見解：“有諸種跡象表明共濟會與玫瑰十字主義互通有無，如果能夠得到認可，它將成為聯繫遙遠過去的第一個紐帶。不過證據尚不確鑿，或說至少還沒有被證實。共濟會雖然與我剛才所說的神秘主義有很深的關係，可是它卻從未表現出任何神秘傾向，它的象徵符號與此的關係也不是很明確。”
許多與共濟會的發展有關的人都曾被猜測是玫瑰十字會員；還有一些人，譬如羅伯特・弗拉德甚至動筆為這個組織辯護。現代共濟會象徵主義者弗蘭克・C・希金斯曾寫道：“阿什莫爾博士是這個兄弟會（玫瑰十字會）的一員，他也被共濟會員推崇為倫敦總會館的創辦元老之一。”（參見《古代共濟會》〔Ancient Freemasonry〕）伊萊亞斯・阿什莫爾還只是連接起玫瑰十字會與共濟會的起源的眾多知識份子之一。根據《大英百科全書》，阿什莫爾是在1646年加入共濟會，而且他是“第一位被‘認可’的紳士或外行。”
帕普斯（Papus）在他的《波希米亞人的塔羅牌》（Tarot of the Bohemians）裡對於同樣的問題寫道：“我們不能就說萊布尼茲的指導者就是玫瑰十字會員，還有透過阿什莫爾的共濟會的實際創始人。”如果共濟會的創始人曾被引領入埃及的大秘儀——現代共濟會的象徵主義表明的確如此——那麼就有理由假設，他們是從一個被他們認可存在的社團那裡學到這些，而且這個社團還最有資格去教導他們認識這些符號與寓言。
對於這兩個組織有一個理論認為，共濟會是玫瑰十字主義的心血；換句話說，那些“未知哲學家”正是因為這個被他們建立來在物質世界中為他們服務的組織而出名的。這個說法繼續聲稱，玫瑰十字會的老手對他們的心血逐漸不滿，於是默默退離了共濟會的森嚴層級，只留下他們的象徵主義和寓言，但卻帶走了可以打開秘符從而解讀他們的秘密的鑰匙。有些投機份子更宣稱現代共濟會已經徹底吸收了玫瑰十字主義，並一舉成為了世界上最大的秘密社團。其他有識者則主張玫瑰十字會仍然存在，它由於退出了共濟會所以保有了獨立性。
按照一個被廣泛接受的傳統，玫瑰十字會的總部就在奧地利的卡爾斯巴德（Carlsbad）附近（參見弗蘭茲・哈特曼博士）。另一個說法是，有一個自稱叫“波希米亞兄弟”（The Bohemian Brothers）的在原則上與玫瑰十字會沒什麼兩樣的神秘學校至今仍獨立地活躍於德國的黑森林。可以肯定的是：隨著共濟會的崛起，玫瑰十字會在歐洲幾乎銷聲匿跡，並且即使存在相反的觀點，但共濟會的第18級（即俗稱的玫瑰十字）確實沿用了玫瑰十字會的火之煉金術士的許多符號。在一份匿名且未發表的18世紀手稿中有這麼一段話，其中也出現了玫瑰十字卡巴拉主義的蛛絲馬跡：
“但是，現在我要出一個難題來考考這個聰明過頭的世界，曾有一群材高知深之人承諾要在歐洲建立智慧的學校，基於一些特殊考量，這些人以玫瑰十字兄弟自稱。但沒有多久，假道學術的學校接手了一切，玷污了這些智者的善意。所以，大多數人所熟悉的這個組織已經不在了，正如這個兄弟會（Fraternity of the Seculo Fili）曾以玫瑰十字兄弟自居，它們在這個聖靈的時代將會為自己冠上百合十字兄弟（Brothers of the Lily Cross）和白獅騎士（Knights of the White Lion）之名。然後智慧學校會再次開花結果，但為什麼最早的第一人選擇了那個名字，又為何其他人都要跟著效仿，這只有那些對大自然有深刻理解的人才能解答。”
玫瑰十字會的玫瑰，引自《玫瑰十字會祕錄》。
玫瑰是與生育、繁殖和純潔有關的女陰象徵。花朵會全力綻放的特徵使得它們變成了寓意靈性開竅的不二人選。玫瑰的紅色意味著基督寶血，隱藏在花朵中心的金色花芯則是隱藏在人的本性中的精神黃金。它的花瓣總共有十片也微妙地暗示了畢達哥拉斯學派的完美數字。玫瑰本身象徵的是心，基督徒一直認為心是愛與慈悲這些美德的象徵，以及基督的本質——他就是這些美德的化身。玫瑰被作為宗教符號有著很悠久的歷史。希臘人把它當作日出或黎明將至的象徵，在阿普列尤斯的《金驢記》中，主角在因為犯蠢而被變成驢子後就是靠著嚥下埃及祭司給他的神聖玫瑰才恢復人形。馬丁・路德的紋章上也出現了玫瑰的圖案，他的宗教改革和玫瑰十字會是否存在任何秘密關聯一直是人們的飯後茶餘。
玫瑰十字會的政治願景是經由弗朗西斯・培根爵士、聖日耳曼伯爵（Comte de St.-Germain）和卡格里奧斯特羅伯爵（Comte di Cagliostro）的大展身手被表述了出來。據埃利法斯・利維指出，卡格里奧斯特羅伯爵曾被懷疑是聖殿騎士團的使者，這個組織深深地涉入了超驗主義。還有一種流行的猜測認為，玫瑰十字會至少是法國大革命的煽動者（請參閱布爾沃・利頓的玫瑰十字會小說《薩諾尼》〔Zannoi〕的引言）。
第三個假說
第三種理論選擇直接否認玫瑰十字主義的存在，它斷言根本就沒有所謂的玫瑰十字會，整件事都是子虛烏有。研究者提出的對這個令人難以捉摸的形上學群體的一籮筐至今未解的問題，就是對這個觀點最好的表述。有沒有可能，玫瑰十字會其實只是一些憤世嫉俗的文學家為了諷刺煉金術和赫耳墨斯科學所編造的神話？那麼聖靈之屋也不過是中世紀神秘主義者的天馬行空嗎？這整個玫瑰十字會的故事會不會是在嘲弄歐洲學術界竟是如此輕易上當？神秘的卓越之父C.R.C會不會根本是文學天才約翰・瓦倫廷・安德烈的創作，或是其他任何懷有類似思想的試圖評判煉金術與赫耳墨斯哲學的人所為，但這一切卻在無意中變成了推動其頒佈的事業的偉大力量？至少有一份早期的玫瑰十字會文獻的確是出自安德烈之筆，但他的目的迄今依舊眾口紛紜。安德烈本人是不是從某個或一群匿名之人那裡得到了該這麼做的指示？如果是他在僅僅十五歲的時候就寫下了《克里斯蒂安・羅森克魯茲的化學婚禮》，那麼他創作這本書的過程又有怎樣的故事？
這些至關重要的問題都還遲遲未得解答。有些人相信這些真的都是安德烈的精心惡作劇，有不少人附和這個觀點，這順理成章導致了許多偽會的出現，它們每個都宣稱自己是《兄弟會傳說》與《兄弟會自白》（Confessio Fraternitatis）的作者。在今天還存在很多假冒的組織這無需贅述；但其中只有很少能夠確實證明它們的歷史可以追溯到比19世紀初更遠之前。
與玫瑰十字會相關的謎團已經引起了無休無止的爭議。許多睿智人士，包括著名的托馬斯・禾根（Eugenius Philalethes）、米歇爾・梅爾（Michael Maier）、約翰・海頓（John Heydon）和羅伯特・弗拉德，他們都選擇為“未知哲學家秘社”的確實存在辯護。其他與他們同樣有份量的人則聲稱它是一場騙局或真實性可疑。托馬斯・禾根在為這個組織著述並對其原則展開更進一步的闡述時，也堅決否認自己與該組織有任何關係。還有其他很多人也都是如此。
有些人認為培根才是《傳說》與《自白》真正的作者，因為這兩部作品的修辭風格和培根的《新亞特蘭提斯》有相似之處。他們還相信在後者的著作裡有某些段落是在隱晦地展示玫瑰十字會的符號學。玫瑰十字會員的神秘莫測使他們成為了文學作品最愛不釋手的主題，薩諾尼就是一個圍繞著他們創造出來的虛構角色，其作者布爾沃・利頓被一些人猜測就是這個組織的一員，另一些則聲稱他曾經想要加入但被拒。波普的《秀髮劫》、維拉爾的《加巴利斯伯爵》還有德・昆西、哈特曼、詹寧斯、麥肯齊（Mackenzie）等人的論文都是玫瑰十字會文學的例子。儘管中世紀玫瑰十字會員的存在難以證實，但有足夠的證據可以懷疑最先是在德國，然後是法國、義大利、英國及其它歐洲國家都很有可能曾經出現過一個秘密社團，組成它的璀璨學者對人類的知識界做出了重大貢獻，同時他們也對自己的個人與組織事宜保持了絕對的隱秘。
第四個假說
玫瑰十字會爭議的明顯不一致之處也能被純粹的超驗解釋來回答。有證據表明早期的作家很熟悉這個假說——不過它還是在受到神智學支持後才開始普及。這個理論主張玫瑰十字會確如某些人所認為的握有超自然力量；這些玫瑰十字會員實際上是兩個世界的公民：他們一邊在擁有可以在物質層面顯現的肉身的同時，他們亦有能力可利用不受時間或距離限制的神秘以太身體來接收兄弟會的指示。憑藉這種“星光體”，他們便能夠在自然界的無形面中活動，他們的聖殿也就位在這個超脫世俗的境界。
根據這個觀點，真正的玫瑰十字會是由一小撮本領高超的老手或啟蒙者所組成，這些人道行極高，已不再受死亡的法則束縛；受選者唯有在歷經漫長的觀察後才會被邀請加入組織；這些老手掌握了賢者之石的秘密並知曉該如何點賤金屬成金，但他們卻教導說這些其實都是寓言性的術語，其真意是要將人的低級本性這個“基本元素”轉變成充滿智慧與靈性覺醒的“黃金”。照著這種說法，那些試圖追尋玫瑰十字會的點點滴滴的人總不免得空手而歸，蓋因他們都是從純粹物質或唯物的角度來探究。
據說這些老手會教人該如何把“玫瑰從十字架上摘下”，如此一來他就可以隨心所欲地脫離自己的肉體。他們還教導，精神本質深深附著在物質形式的某些方面上，這就是被釘上十字架時所用的“釘子”的寓意；但只要經受過發生在靈性世界，即真正的玫瑰十字聖殿的三次煉金術啟蒙，他們就可以“拔出”這些釘子，使人的神聖本性得以從十字架掙脫。他們用三個煉金術隱喻來隱瞞了這個過程：“銅海之鑄”（The Casting of the Molten Sea）、“玫瑰鑽石的提鍊”（The Making of the Rose Diamond）、“賢者之石的實現”（The Achieving of the Philosopher's Stone）。
即使學士們捧著互相對立的理論各說各話，但神秘主義者卻是以完全不同的方式來對待這個問題。神秘主義者相信真正的玫瑰十字會是一群超人（不同於印度傳說中的聖雄〔Mahatmas〕）的結社，這個學院並不存在於有形世界而是在它的靈性對應物中，這會被他稱作“自然界的內在”（inner planes of Nature）；只有那些可以超越物質世界侷限的人才能夠找到這些兄弟。為了證明他們的觀點，這些神秘主義者引述了《自白》裡的這段重要聲明：“不配的人可能會大吵大鬧個千百遍，他們會有千言萬語要說，但上帝已讓我們的雙耳無法聽見他們的喧嘩，並用祂的雲彩覆蓋住我們，那是祂的僕人，沒有任何暴力可以在此作亂；因此再沒有任何一雙眼睛可以看見我們，除非他們從老鷹那裡獲得了力量。”在神秘主義中，老鷹是啟蒙的象徵（脊柱的精神之火），同時這段話也解釋了尚未歷經重生的人們為何始終無法瞭解玫瑰十字會的謎底。
約翰・瓦倫廷・安德烈的紋章，引自《化學婚禮》。在那部作者被認為是約翰・瓦倫廷・安德烈的《克里斯蒂安・羅森克魯茲的化學婚禮》中提到了四朵紅玫瑰和一個白十字架，他的家紋如上圖所示，也是由四朵紅玫瑰和白十字架構成。
那些擁護這個理論的人還認為聖日耳曼伯爵是這個組織的大統領，而且他和克里斯蒂安・羅森克魯茲其實是同一個人。它們選擇火來作為萬用象徵，因為它是一個可以被利用來操舵金屬的元素。它們更宣稱自己是土巴該隱和海勒姆・阿比夫的後裔，而且它們存在的宗旨就是要從長年的物質侵擾中捍衛人的精神本性。“諾斯底教、阿拉伯人、煉金術士、聖殿騎士團、玫瑰十字會員以及最後是共濟會員，正是他們在神秘科學的傳播中形成了一條綿延不絕的西方系譜。”（參見A.E・偉特翻譯自帕普斯的法文版的《波希米亞人的塔羅牌》）
基督教神秘主義者馬克斯・海德爾曾說玫瑰十字會聖殿是一座“以太建築”，它就立基在一位歐洲國家的紳士的家中。他相信這座看不見的建築最終會遷移到美洲大陸。海德爾先生還說，玫瑰十字會員對生命科學是如此稔熟，甚至令“死亡都已經完全忘記了他們”。
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