畢達哥拉斯的父親墨涅撒爾庫斯原來在德爾斐經商，不過他和他的妻子帕希涅絲仍然決定向神諭諮詢他們是否應該乘船回去敘利亞。當女祭司（阿波羅的女先知）坐在蓋過神諭通風井的金質三足鼎上時，她並沒有直接回答他們的問題，反而告訴墨涅撒爾庫斯說，他身懷六甲的妻子注定要誕下一個擁有過人俊俏與智慧的男孩，而且他未來的貢獻將令人類受用無窮。這個預言令墨涅撒爾庫斯非常印象深刻，他為了紀念皮媞亞女祭司，於是也讓妻子改名為皮媞亞絲。當孩子在腓尼基的西頓出生時，果真如預言所料——是一個男嬰。墨涅撒爾庫斯和皮媞亞絲遂給這個孩子取名叫畢達哥拉斯，因為他們相信他是神諭指示的命中注定之人。
關於畢達哥拉斯的出生有很多傳說。有些人宣稱他根本不是凡人：他其實是一個藉著這副軀體來到世間指導人類的神。畢達哥拉斯是許許多多出生過程被特別神化的古代聖賢和救世主之一，戈弗雷・希金斯就在他的《啟示的曙光》中寫道：“首先非常引人注意的是，畢達哥拉斯的生平幾乎與耶穌並無二致，他們可以說是出身自同一個國家的同胞；前者出生在西頓，後者出生在伯利恆，這兩個地方都位於敘利亞。畢達哥拉斯的父親和耶穌的父親都從預言得知自己的妻子將生下男嬰，而且這個孩子會成為人類的救星。他們都是在母親返鄉的途中出生，約瑟與他的妻子必須前往伯利恆登記戶口，畢達哥拉斯的父親從他的住所薩摩斯出發去西頓則是為了做生意。畢達哥拉斯的母親皮媞亞絲見到了阿波羅或太陽神的幽靈（然後我們也有所謂的聖靈），神明隨後也向她丈夫顯現，並告訴他說在他妻子懷孕期間，他不能和她有任何行為——這個故事顯然與約瑟和瑪麗亞相近。從這些不甚尋常的來龍去脈來看，畢達哥拉斯應該有資格享有與耶穌相同的頭銜，即上帝之子；眾人都認為這就是神的餽贈。”
這位揚名四海的哲學家出生於公元前600-590年間，據信他活了將近百歲。
畢達哥拉斯的教誨表明他對東方與西方秘儀主義的原理肯定是耳熟能詳，他曾旅行至猶太人間，並接受拉比教授以色列的立法者摩西的秘密教義。後來的艾賽尼派的其中一個主要工作就是在解讀畢達哥拉斯學派的象徵符號。畢達哥拉斯本人甚至曾被獲准加入埃及人、巴比倫人以及迦勒底人的神秘學派。儘管有人相信他是瑣羅亞斯德的門徒，但這位現在被帕西人極度崇敬的神人究竟是否真有擔任過他的導師卻很有待商榷。縱然對於他的旅行的記述各有不同，但歷史學家一般都同意他拜訪過許多國家，也跟隨過不少大師。
“在獲得了所有他所能從希臘哲學家身上學到的東西，並也許亦在成為厄琉息斯秘儀的成員之後，他動身前往埃及，經過無數次被謝絕門外後終於得到伊西斯神秘學派的接納，得到底比斯祭司的青睞。接著，這位勇敢的‘木匠’又再赴腓尼基和敘利亞，當地的阿多尼斯神秘學派接受了他，然後他花費很長的時間渡過幼發拉底河谷，仍然生活在巴比倫附近的迦勒底人的秘密學說就在那裡等著他。最後，他展開了自己一生中最偉大也最具歷史意義的冒險，那就是通過瑪代與波斯進入印度斯坦，他在那裡作為弟子待了幾年，並向象島和埃洛拉學富五車的婆羅門學習。”（參見32級共濟會員弗蘭克・C・希金斯的《古代共濟會》）同一位作者還補充說，畢達哥拉斯的名字仍然被保存在婆羅門的紀錄裡，他在裡頭名叫來自愛奧尼亞的教師亞萬徹里亞（Yavancharya）。
相傳畢達哥拉斯是第一個以哲學家自居的人；事實上，這個世界將會為他發明哲學家這個稱呼感激不盡。在此以前，那些智者往往自稱為聖人，其實意思就是那些學識淵博的人。畢達哥拉斯倒比較謙遜，所以他創造出哲學家一詞，用以形容他所說的那些嘗試去發現的人。
在他結束遊歷後，畢達哥拉斯在義大利南部的多利安人殖民地克羅托內建立了一所學院，有時也被稱為大學。在他甫一抵達克羅托內時，他尚被人家斜目而視，但不出多久以後就連那些在周遭殖民地身居高職的人都紛紛要來向他尋求重大決斷的建議。他在身邊聚集起了一群規模雖小卻誠摯的門徒，他向他們透露自己曾學過的秘密智慧，還有最基本的神秘數學、音樂及天文學，他認為這三者是所有藝術和科學的基礎。
他在耳順之年時迎娶自己的其中一位門徒，這段婚姻在往後締造了七個孩子。他的妻子是一個非常精明能幹的女人，她不僅僅是不斷從而激勵，而且還在他不幸遭到暗殺之後繼續宣揚他的教義。如同天才常有的遭遇，畢達哥拉斯也因為直言不諱而招致了政治和個人上的仇恨。那些參加啟蒙的人中有一個因為畢達哥拉斯不待見他所以決定對他和他的哲學還以顏色。通過顛倒黑白，這個滿腔怒火的傢伙成功唆使百姓起來對這位哲人不利。於是在沒有任何警告的情況下，一群暴徒怒衝衝地朝著這位偉大導師及其門徒所在的一小小幢建築物奔來，然後縱火燒毀建築，殺死畢達哥拉斯。
對這位哲學家的死亡的詳情仍有其它意見。有些人說他是與門徒一起被殺；其他人則說在趕緊與一小群追隨者逃離克羅托內的過程中，他被敵人困住並燒死在他和他的人馬決定在那裡休息一晚的小房子裡。另一個說法是，當他們發現自己已經被困在熊熊大火的建築裡時，門徒都毅然奮不顧身地投向火堆，用他們的身體形成一道拱橋讓畢達哥拉斯逃跑，但他對於自己竭力服務並啟蒙人類的居然換來這種結果，在不久後仍舊死於心碎。
第一位哲學家畢達哥拉斯，引自《神祇的歷史》。
年輕時的畢達哥拉斯曾是斐瑞居德斯和霍莫達馬斯的學生，而且他在青少年時即以深刻的哲學觀念出名。他的身高超過六尺，身形看起來與阿波羅簡直如出一撤。畢達哥拉斯彷彿就是威嚴與力量的化身，使他人在他面前都會不由得感到謙卑和害怕。他的體力不只沒有隨著年齡衰退反而是更強，所以他當高齡逼近百歲時，他其實才正處於全盛期。這位偉大的靈魂對他周遭的人的影響力是如此之大，以至於一被他讚美的門徒就會喜不自勝，反過來令他大發雷霆的人甚至還會羞愧地自殺。這樁悲劇深令畢達哥拉斯震驚，所以他從此以後便再也不對別人惡言相向。
他僥倖逃過一劫的門徒企圖延續他的教義，但他們每個人都難免迫害，所以今日只有鳳毛麟角的材料可以證明這位哲學家的偉大。據說畢達哥拉斯的門徒從來不敢直呼其名，總是稱他叫大師或那個人。這可能是因為畢達哥拉斯這個名字被認為是由具有偉大神聖象徵意義的特定字母組成的。《太初有道》（Word）雜誌曾刊載過一篇普拉特（T. R. Prater）所寫的文章，這篇文章證明畢達哥拉斯透過向受選者揭示他名字中的隱藏公式來啟迪心智，這也許可以解釋為什麼畢達哥拉斯這個名字是如此受歡迎。
畢達哥拉斯的學院在他遇害後逐漸消解，但那些曾從其教義中受惠過的人卻會永遠追悼這位偉大哲人，一如他還在世的時候也總是備受他們尊敬。經過長年累月下來，畢達哥拉斯開始被認為是一個神而非人，他的門徒聚集在他門下就是出於對其超然天才的欽佩。愛德華・舒爾在《畢達哥拉斯和德爾斐神秘學派》（Pythagoras and the Delphic Mysteries）提到了下面這件畢達哥拉斯學派聚集起來的契機：
“有個患病且貧窮的人受到了一位店主的親切對待，他在臨死前到客棧的門口前畫上了幾個神秘的記號（毫無疑問是五角星），並對店主說：‘別擔心，我的兄弟將會替我付賬。’ㄧ年後，一位經過這家客棧的陌生人突然看見這些記號，於是他就找來店主說：‘我是畢達哥拉斯學派的人，我的一個兄弟在這兒死了；請告訴我他還欠著什麼。’”
弗蘭克・C・希金斯以下列的大綱扼要說明了畢達哥拉斯學派的教條：
“畢達哥拉斯的教導對共濟會員來說具有無上的重要性，因為它們是他與當時整個文明世界的主要哲學家交流下來的碩果，而且那必然是所有人都點頭稱是、除去半點異議的雜草的真知灼見。因此，畢達哥拉斯捍衛純粹的一神論的堅定立場就足以說明傳統的影響，一個統一的上帝是所有古代啟蒙者都標舉的最高秘密。畢達哥拉斯的哲學學派在一定程度上也是一系列的啟蒙程序，他讓弟子逐步間次地通過不同等級，從未允許他們直接來到他面前，除非他們達到更高的等級。據他的傳記家說，他設立的等級共有三級。首先的是‘數學家’，這是在確保他的學子能熟練掌握數學和幾何，就是現在的共濟會員也是如此，因為那是建立其它所有知識的基礎。”
畢達哥拉斯學派的礎石
對幾何學、音樂還有天文學的研究被認為對於理解上帝、人或自然而言都或不可缺，任何一個對此一竅不通的人都不可能成為畢達哥拉斯的門生。許多人都曾來到他的學院求學，這位申請者都必須經過這三個學科的核可，不過關的人立刻會被逐出。畢達哥拉斯並不是一位極端主義者，他對任何事情都教授節制而非過度，因為他認為過度的美德本身就會變成惡習。他最喜歡的一句話就是：“我們應該盡一切全力來避免，還有用火與劍來斬斷，或是通過其它任何方式，來從身體剷除疾病、從靈魂剷除無知、從腸胃剷除奢侈、從城市剷除動亂、從家庭剷除不和諧、從一切事物剷除過剩。”畢達哥拉斯同時也相信，沒有犯罪就等同於沒有政府。
每個人都明白他們想要什麼，但卻很少有人清楚他們需要什麼。畢達哥拉斯會告誡他的門徒不應該為自己禱告；當他們向諸神求解時也不應該問跟自己有關的問題，因為人根本不知道什麼對他才是好的，正因如此，凡是奢想得到的一旦真的被實現，最後的結果往往不會太好。
畢達哥拉斯心目中的上帝是單子，或萬物的太一。他把上帝描述為彌漫在宇宙各個部分的至高心智——即是ㄧ切事物的首因、一切事物的智慧及ㄧ切事物的內在力量。他還進一步宣布上帝的運動方式是圓形，然後上帝的身體是由光的實體組成，上帝的本質則是由真理的實體構成。
畢達哥拉斯也聲稱吃肉會有害於思考能力。固然他沒有直接譴責或完全放棄食肉，但他仍呼籲法官在審理案件前不應吃肉，這樣那些來到他面前的人才能得到最公正且睿智地判決。當畢達哥拉斯決定（正如他經常這麼做）回到上帝的神殿裡進行長時間的沉思和祈禱時，他會準備好專門的食物與飲料。食物是以相同數量的罌粟跟芝麻種子製成，還有從海蔥皮榨取出的果汁、水仙花的花朵、錦葵的葉子以及大麥和碗豆糊。他會用野外的蜂蜜來和這些東西加在一起，他也拿黃瓜的種子、香菜花、錦葵與馬齒莧的種子、乳酪刮片、粗粉以及奶油，連同野蜂蜜再加糖攪拌成飲料。據畢達哥拉斯稱，這就是海克力士在利比亞沙漠遊蕩時的飲食，而且還是根據自刻瑞斯女神親手為這位英雄決定的食譜。
畢達哥拉斯學派最喜歡的治療方式是借助敷藥，這些人同樣也清楚各種植物的神奇妙用。畢達哥拉斯本人高度評價海蔥的藥用性質，據聞他曾就這點寫滿一整份捲軸。但是，這部作品迄今仍沒有被發現。畢達哥拉斯甚至發現就連音樂也擁有傑出的治癒能力，所以他會為各種疑難雜症準備對應的和聲。他顯然也嘗試過色彩治療，而且效果同樣不俗。他的獨特治療的其中一個成果是他發現《奧德賽》和荷馬《伊利亞德》的某些段落也可以用作治療，於是他會讀這些段落給病人聽。他反對所有形式的手術，就是對醫療燒灼也敬謝不敏。他不會允許任何傷害身體的做法，因為他覺得這是對神靈的居所的褻瀆。
據畢達哥拉斯教導，友誼是所有關係中最真實且完美的一個。他宣傳存在於大自然中的萬物都有對彼此的友誼；例如諸神之於人類、一個學說之於另一個、靈魂之於身體、理性部分之於非理性部分、哲學之於其理論、ㄧ人之於另一人、同胞之於另一同胞，哪怕是在陌生人之間、男人和他的妻子、孩子、僕人之間都存在友誼。所有缺乏友誼的牽連都是枷鎖，在那種關係裡沒有半分美德。畢達哥拉斯認為，所謂的關係在本質上是精神性而不是物質性，一個富有同情心的陌生人也要比一個即便有血緣關係但卻對此不予苟同的人更接近他。知識被畢達哥拉斯定義為心理累積的成果，他相信這可經由多種方式獲得，不過主要是觀察。智慧是對所有事物的來源或原因的理解，唯有通達的智慧才能使人透過ㄧ物可見的外形來直觀其看不見的內顯，從而達到自我與事物的精神合一，而非與事物的外形合一。智慧所能認識到的終極源泉就是單子，畢達哥拉斯學派的神秘永久原子。
按畢達哥拉斯教導，人和宇宙都是上帝的映像；兩者都是依照同樣的形象打造，故對其中一者的認識就是對另一者的認識。他更進一步提點說，巨人（宇宙）與人（小宇宙）之間亦有持續不斷的交互作用。
畢達哥拉斯相信所有的星體其實都有生命，行星與星宿都是以與人類相同的方式包含有靈魂、心智以及精神，只不過它們是包裹無形的靈性有機體的可見外殼而已，這些有機體在現實中皆為有意識的個體。畢達哥拉斯認為行星都是宏偉的神祇，值得人們頂禮膜拜與尊敬。然而，所有這些神祇在他眼裡卻都次於第一因（One First Cause），因為它們全都是暫時性的存有，宛如死亡存在於不朽之中。
著名的畢氏Y（Pythagorean Υ）象徵著選擇的力量，神秘學派也將之用作分歧之路（Forking of the Ways）的標誌。這個符號會從中柱延伸出兩個部分，一個向左一個向右。向右的分支被稱為神聖智慧，向左的分支被稱為世俗智慧。由受選者扮演的青年角色必須行走在由Y的中柱象徵的生命之路（Path of Life）上，步向這條路延伸往的方向。然後這位新人得要決定他是要走向左邊的路，遵循自己的低級本性的命令，選擇那些終將導致他萬不復劫的愚蠢與粗心行為；或是他會走上右邊的路，並通過誠信、勤奮、真摯來打動上界的神仙。
畢達哥拉斯很有可能是從埃及人那得到了Y這個概念，他曾親身參與過他們的某些啟蒙儀式，在那些場合裡，會有兩名女性出現在受選者面前。其中一個會襲上神殿的白袍，敦促新人趕緊進入學識大廳；另一個人身上綴滿珠寶，象徵俗世的財富，同時她會手拿裝滿葡萄（象徵虛假之光）的盤子，試圖引誘他進去不對的房間。這個符號至今也仍被保留在塔羅牌中，也就是分歧之路。分叉桿亦是許多國家的象徵，它也會被擺放在沙漠裡來指示哪兒有水。
關於畢達哥拉斯宣揚的輪迴學說有些爭論。根據其中一種觀點，他曾教導人們說如果他們在世時表現得猶如動物，那麼他們就會在來生變成與之對應的野獸。因此，生性膽小的人會投生為兔子或鹿、狼子獸心的人會投生為狼或其它猛獸、詭計多端的人會投生為狐狸，問題是這其實並不符合畢達哥拉斯學派的主張，而且它更有可能是寓意而非字面上的意思。這個寓言打算傳達的觀念是，當人類被自己的低級慾望和破壞慾宰制後，那麼就與禽獸無異。輪迴這個術語通常會被理解為通俗的投胎轉世，畢達哥拉斯的這個學說必然直接或間接地與印度和埃及有所關聯。
畢達哥拉斯對於精神本質會以人的形式轉生的理論的認同可以在利維的《魔法的歷史》的註腳中找到：“他是那所謂的輪迴轉世學說的重要支持者，該學說的主張就是靈魂會一再投胎入肉身。他甚至相信自己曾經是（a）墨丘利之子埃塔利德斯（b）彭透斯之子歐福爾布斯，他最後在特洛伊戰爭死於墨涅拉俄斯之手（c）赫爾墨提烏斯，他是愛奧尼亞城市克拉蘇曼納的先知（d）一個卑微的漁夫，最後是（e）薩摩斯的哲學家。”
畢達哥拉斯還教導，每種生物都擁有上帝賜予的印章，而且每一種物理形式都是依靠物理實質作為蠟料來按著這印章塑形。所以，每一副身體都被給予了按照神聖模式而來的尊嚴。畢達哥拉斯相信人最終會達到一種狀態，在這種狀態下，人將擺脫其粗俗的本性，並脫胎為靈性的以太身體，它在任何時候都與物理身體並置，而且可能就俗稱的第八個領域（the eighth sphere，或第八個天體）或反地球（Antichthon）。由此人將能步入神境，在那裡有專屬於他的那一份神性。
畢達哥拉斯亦聲稱，自然界中的任何事物均可被分為三部分，一個人如若不能把每個問題都圖解成三角形來看待，那麼他便永遠無從成為明智之人。他說：“勾勒一個三角形，然後問題就已經解決了三分之二。”此外，“所有事物皆可一分為三。”依照這個觀點，畢達哥拉斯同樣把宇宙劃分為三部分，分別被他稱作崇高世界、高級世界及低級世界。至高或崇高世界是一個微妙的、相互滲透的精神本質，它既彌漫於萬物也是至上神本身，故神無所不在、無所不能、無所不知。其餘的兩個較低一階的世界都存在於這個至高領域之內。上級世界是神靈的家園，也是原型與印章存在的地方；他們的本性不以任何方式分有土性材料，但他們卻會把自己的影子投向深處（下級世界），也只有藉著這些影子才能認出他們來。第三個或曰下級世界是那些分有物質材料的生物，或是從事與物質材料有關的勞動者的居所。因此，這個領域是凡俗諸神德謬歌的老家，這群天使與人一同共事；代蒙也分有塵世的本性，最後還有人類及其低級王國，那些塵世間的短暫之物，但他們卻具有能夠超越這個領域的理性和哲學能力。
數字1和2並不被畢達哥拉斯學派認可是數字，因為它們代表的是那兩個更高層次的世界。畢達哥拉斯數字因而是從3這個三角形和4這個四方形開始。把這兩者再加上1和2就可以得出10，這是代表所有事物、宇宙原型的偉大數字。這三個世界又被稱為容器，第一個是原理的容器、第二個是智慧的容器、第三個或最低的那個是數量的容器。
“對稱的固體（symmetrical solids）被畢達哥拉斯及其後的希臘哲學家認為是最重要的。為了滿足對稱或規則，一個固體必須有能在每個角度上相交的相同數目的面，而且這些面也必須是相等的正多邊形，即側面和角度都相等。或許，那唯五個符合這種標準的固體的發現就應該被歸功於畢達哥拉斯。
現在，希臘人開始相信這個世界（物質世界）是四大元素構成——土、氣、火、水——於是希臘人也理所當然地覺得元素粒子的形狀應該就是那些固體。土粒子是立方體，立方體是最穩固的常規固體、火粒子是四面體，四面體是最簡單也最輕盈的固體、水粒子出於正好相反的原因而是二十面體、氣粒子作為後兩者的居間者所以是八面體。對這些古代數學家來說，十二面體是眾固體中最神秘的一個；它的構造最為困難，要準確畫出這種正五邊形需要對畢達哥拉斯的偉大定理有深邃的理解。所以，正如柏拉圖指出，‘它（正十二面體）就是神規劃宇宙的摹本。’（參見H・斯坦利・雷德格羅夫（H. Stanley Redgrove）《過去的信仰》〔Bygone Beliefs〕）
對稱的幾何固體
古人在五個對稱固體之外還多加上了一個球體（1）它是所有創造形式中最完美的。這五個畢達哥拉斯固體分別是：四面體（2）擁有四個等邊三角形面、立方體（3）擁有六個正方形面、八面體（4）擁有八個正三角形面、二十面體（5）擁有二十個等邊三角形面，以及十二面體（6）擁有十二個正五邊形面。
對應形式的數字
畢達哥拉斯曾教導，點象徵數字1的力量、線象徵數字2的力量、面象徵數字3的力量、固體象徵數字4的力量。
雷德格羅夫先生並未提到古代神秘學派的第五元素，這個元素將使對稱的固體之間得以類比，並令元素臻至完成。這第五元素或說以太被印度教徒稱作阿克夏（akasa）。它與現代科學設想的以太非常相似，而且其能夠滲透物質、滲入其它所有元素並成為它們的共通溶劑和共同特性。十二面體也巧妙地讓人聯想起十二仙人（Twelve Immortals），他們開展了這個宇宙，同時這也體現出人類大腦中的十二回旋——它們是使那些仙人活躍在人的本性中的媒介。
雖然畢達哥拉斯也跟他那個時代的人一樣熱衷占卜（可能是數字算命法），但他到底是怎麼做的卻缺乏記載傳世。傳說他有一個非凡的輪子，他可以藉著它來預知未來，而且他還在埃及人那學過占水術（hydromancy＊1）。他相信銅具有能夠發揮神諭的力量，因為即使一切都完美無缺，銅碗仍總會發出隆隆聲。他還曾經為一條河的靈魂禱告，然後從水中居然出現了聲音：“畢達哥拉斯，我向你問候。”據說他可以讓代蒙進入水裡並擾動水面，然後再以攪拌的情形來占卜。
畢達哥拉斯的有位老師在春天的某天喝醉酒後，突然宣布說水之靈剛剛預言第二天要發生大地震——之後這個預言也確實成真。畢達哥拉斯非常有可能深諳催眠，而且不僅是對人，就連在動物身上也能見效。他曾讓一隻鳥改變飛行的軌跡、一頭熊停止侵犯社區、一頭公牛改變牠的飲食，這都是精神影響力經過練習後的發揮。他也具有千里眼的天賦，能夠看見遠方的事物與準確描述還沒發生的事情。
畢達哥拉斯學派的象徵性格言
楊布里科斯收集了畢達哥拉斯學派的三十九句象徵性格言，並ㄧㄧ對它們作出了解釋。這些都是由托馬斯・泰勒從希臘文翻譯過來。格言是克羅托內的畢達哥拉斯學院最受歡迎的教學方法之一，接下來將會節錄其中最具代表性的十句，並簡要闡釋它們的深意。
I. 不走康莊大道，轉尋未明之路。由此可以理解，那些渴求智慧的人必須勇於在孤獨之中追尋。
II. 管嘴最為先，靜聽眾神令。這句格言是在告誡人們，言語非但無法代表反而還會歪曲自己，當他對自己應該說什麼抱持猶豫時，沉默是金才是上策。
III. 聽聞那風，崇拜那聲。畢達哥拉斯是在藉此提醒門徒，上帝的旨意可以透過元素的聲音被聽見，而且自然中的所有事物都可被和諧、節奏、秩序或神的特質表現出來。
IV. 伸援重擔者，勿助放棄人。這是在教導學生們應該幫助勤奮的人，但不要向那些懶惰之人伸出援手，因為助長懶惰是一大罪。
V. 黯淡無光時，莫論畢氏謎。這是在警示這個世界，不應該在沒有靈性和智慧啟蒙的情況下談論上帝的奧祕和科學的秘密。
VI. 出家後，別回頭，怒常在。畢達哥拉斯在警告他的追隨者，任何決心尋求真理的人才開始瞭解起部分奧祕，就會變得灰心喪氣並渴望回到從前的惡習與無知，可是這將造成極大的痛苦；對神一無所知反而還要勝過只知皮毛卻止步不前。
VII. 餵養公雞，切莫獻祭；蓋因牠是太陽與月亮的聖物。這句格言蘊含著兩個很重要的教訓，其一是不要為向神獻祭而犧牲生命，因為生命無比神聖，哪怕是作為神的祭物，人也不應該取走它。第二個教訓是，在這裡被比擬為公雞的人的身體對太陽（上帝）和月亮（自然）而言是神聖的，所以應該被作為人類最寶貴的表現媒介被保存起來。畢達哥拉斯同時也是在告誡門徒自殺式多麼不可取。
VIII. 別讓燕子進家門。這是在警告那些尋找真理的人，不要讓虛無縹緲的思想進入腦中，也不要讓任何慵懶的人進入自己的生活。他應該結交的是抱持理性的思想家和仁德的工人。
IX. 別輕易向人伸出右手。這是在叫門徒不必輕易提出真知灼見，不要提供智慧跟知識（他的右手）給那些無法欣賞之輩。手在這裡代表真理，它喚醒那些因無知墮落的人；但許多頑固不靈的人卻不渴望智慧，他們只會斬斷那隻善意伸來的手。唯有時間本身可以關照無知群眾的救贖。
X. 褪下床單，收拾鋪整，莫留印痕。畢達哥拉斯在指導他的門徒從無知的睡眠中醒來，進入智慧的清醒狀態，然後清除從前他們處在靈性黑暗時的所有記憶；一個睿智的人不會在他身後留下任何形跡，其它不那麼聰明的人若看見這形跡，就會把它拿來當作鑄造偶像的模具。
《黃金詩歌》（Golden Verses）是畢達哥拉斯學派最負盛名的文本之一，儘管通常被掛名於畢達哥拉斯，但究竟是出自誰之手仍有待釐清。《黃金詩歌》收錄了奠定克羅托內教育理論基礎的完整哲學體系概要，當然這個教育體系也更常被稱為義大利學院。這些詩文開門見山就呼籲讀者敬愛上帝、敬重偉大的英雄、尊敬代蒙和元素間的居民。然後詩文又敦促人們仔細且勤奮地思考自己的日常生活，寧願握有心靈與靈魂的寶藏，也不要守著俗世之物。詩文還向人承諾，如果他能夠超越自己的低級物質本性並培養自我控制的能力，那麼他最終便能夠得到諸神的接受，和他們同在且分享不朽（值得一提的是，柏拉圖曾付出重金來買下僥倖從克羅托內的浩劫中被救出的畢達哥拉斯手稿，詳情參見日內瓦《神祇的歷史》）。
畢達哥拉斯學派的天文學
根據畢達哥拉斯的觀點，宇宙間的每一個物體的位置都是按照該物的身份本質而定。在他那時流行的觀念是地球位於太陽系中心；其它行星，包括太陽和月亮都是在地球周圍旋轉，而且地球本身是一個平坦的正方體。與這樣的觀念相反，無論外人怎麼批評，畢達哥拉斯都信誓旦旦地宣稱火是所有元素中最重要的一個；中心是所有身體裡最重要的部位，而且就像家家戶戶都會在屋子的正中擺放維斯塔之火，所以宇宙的中心必也是一個不斷燃燒的天體。這個身處中心的天體被他稱為朱庇特之塔（Tower of Jupiter）、合一之球（Globe of Unity）、大單子（Grand Monad）以及維斯塔的祭壇（Altar of Vesta）。因為數字10代表所有部分的總和與所有事物的完整，因此畢達哥拉斯也名正言順地將宇宙劃分成十個天體，各由十個同心圓來表示。這些圓都使始於中心的神聖火球，接下來的是七個行星，包括地球和另一個名叫反地球的從未被目擊過的神秘天體。
關於這顆反地球的本質有很多不同說法。亞歷山卓的革利免相信它象徵著天國；其他人則主張它就是月亮。但更可能的是，它其實就是古人所云的第八個天體，亦即與地球在同一軌道上運動的黑暗行星，只不過它總是被太陽擋在地球眼前，而且也往往處在與地球恰好相反的位置。那麼，它會是占星學家一直以來猜想的莉莉絲（Lilith＊2）嗎？
艾薩克・邁爾曾指出：
“畢達哥拉斯學派的人認為，每顆星星都是自有一層大氣的世界，而且它們很大程度上為以太所環繞。”（參見《卡巴拉》）
畢達哥拉斯的門徒也非常崇拜金星，因為它是唯一一顆亮度足以蓋過陰影的行星。作為晨光之星，金星在太陽升起之前就已經可以看到，同時它也是日落後仍然發光的黃昏之星。由於有這些特質，古人於是也為這顆行星賦予了很多名字。既然在日落時仍可以看見，所以它被稱為暮星（vesper），當它先於太陽出現時則叫做虛假之光、晨光之星或路西法，這個名字的意思就是帶來光明者。也因為與太陽的這種關係，這顆行星又有名作維納斯、阿斯塔蒂、阿芙蘿黛蒂、伊西斯還有眾神之母。還有一點必須一提：在ㄧ年中的有些季節，某些地區可以在無須借助望遠鏡的情況下直接看見呈現成新月狀的金星。這可以解釋為什麼古代的女神經常與新月有關，但那些故事卻又與月亮的不同月相不盡然有關。畢達哥拉斯擁有的淵博天文學知識無疑是師從自埃及神殿，那些祭司在這樣的知識被揭示給對此一無所知的世界之前，就已經明白了天體之間的關係有好幾千年。他在神殿中獲得的知識使他能夠斷言需要兩千年的時間才能驗證的事物，這也是為什麼柏拉圖與亞里斯多德如此推崇古代神秘學派的奧祕。處在相對缺乏科學知識且沒有現代儀器的狀態下的祭司-哲學已經發現了普遍動力的真正基礎。
誠如柏拉圖所指出的對於畢達哥拉斯幾何學說的一個有趣應用，可以在《正典》（The Canon）中找到。
“‘幾乎所有的古老哲學家，’一位匿名作者說道：‘都曾設計出一套兼顧宇宙各個方面的和諧理論，這種嘗試一直持續到舊有的哲學模式消失為止。克卜勒（1596）為了證明柏拉圖學說，他遂提出宇宙是由五種固體組成，遵循著下面的規則。‘地球是圓形，是萬物的尺量。圓形也表示十二面體；這個圓圍著火星。火星之圓可以表示四面體；它圍住的是木星。木星是立方體；它包含土星。現在在地球上刻入二十面體；這個圓圍的就是金星。在金星上刻入八面體；出現在其中的將是水星。’（參見《宇宙的神秘》〔Mysterium Cosmographicum，1596〕）這套法則顯然無法被當作對宇宙的真實陳述來看待，它與哥白尼在16世紀提出的比率沒有任何相似點。然而克卜勒仍對他的公式感到極為自豪，而且他還聲稱他看重它更勝過整個薩克森選侯國。這也獲得了兩位著名權威第谷和伽利略的認同，他們肯定也明白。克卜勒本人倒是從未說明過他的寶貴法則到底該如何被解釋。’”
柏拉圖天文學並不關心天體的物質構造或排列，但其認為星宿和行星是神聖智慧的焦點。物理天文學被看作是研究“影子”的科學，哲學天文學則是研究“真實”的科學。
聖十三角形
據士麥那的泰昂聲稱，畢達哥拉斯的十個點（dots）或聖十三角形是最重要的象徵，因為它敏銳地揭示了普遍的奧祕。畢達哥拉斯學派的人會以下面這句格言約束自己：“賜予我們靈魂的聖十，它乃永恆自然之泉與根。”
立方體和星形
連接起聖十三角形的十個點，就可以形成九個三角形。連起六個可以形成立方體。幾個相同的三角形之間的線條被正確地連起來時還可以在中間勾勒出一個六角星，立方體和星形需要用上七個點。卡巴拉式地說，餘下三個未被用到的點正代表宇宙的三重無形本質，而那七個構成立方體與星形的點則是以羅欣（Elohim）——七個創造時期的靈魂。安息日或第七日就是中心點。
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＊1 占水術（hydromancy）是透過把石頭投入水中，然後再從水的色澤、潮落、漣漪來占卜的方法。
＊2 在占星學上，月亮繞行地球的橢圓形軌道會被區分出兩個焦點，其中一個沒有被地球佔據的焦點就是莉莉絲行星，又稱黑月（Black Moon），象徵著一些較為陰暗、負面的力量或作用。——譯注
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