基督教會在最初幾個世紀的精力大半都耗費在正統之爭的問題上面。大部份的早期主教都是在異教的熏陶下出生長大，只是到了後來才因為皈依而接受基督教化。這些人順道帶來了很多他們原本的禮儀與信仰，可以說根本是在以舊有的方式來重新詮釋新的信仰。托勒密主教辛奈西斯（Synesius）就是私下仍抱持異教信仰的人之一，他甚至不避諱承認自己只是在公開場合才扮演基督徒。
基督教主教在訪問亞歷山卓的時候習慣舉行兩次禮拜，一次是在他們的教堂，另一次是在塞拉皮斯神殿。其實是要直到相當後期，基督教才幡然宣布自己是唯一真實的宗教。
在基督教時代的頭四個世紀，接受教會感召的大多數受過教育的異教徒都相信轉生，並且毫不懷疑他們自己有過前世。這也無怪乎重生學說會披上基督教的外皮並再次獲得世人青睞。
只有等到教會在歐洲取得了無可撼動的宗教地位後，輪迴這個概念才被正式取締以及烙上異端的烙印。長老們意識到輪迴教義完全抵觸了基督教的典章，比如代替贖罪、恕罪、天堂與地獄還有洗禮。要是人其實無需依靠神職人員就可以獲得救贖，那教會的存在就會顯得多餘。俄利根的學說引起了很大爭議，漸漸地人們也忘記了轉生這個概念。千年多來，重生的真理無人理睬，倒是各種神學妄想卻炙手可熱。但真理是無可動搖的，所以重生學說從未真正死絕。如今，從神職人員的統治中解脫出來的俗人莫不希望找到信仰的合理依據，於是重生學說的合理性現在正越來越被接受，最終對精神將會反覆化身的這一事實的體認也會成為一切明智的靈性修習之依據。
在早期教會史上沒有誰的名字可比聖奧古斯丁更如雷貫耳。他年輕時曾一度篤信摩尼教，他正是在那時接觸了多重生命的教誨。爾後他皈依基督教，當上了希波（Hippo）的主教，甚至在死後被封聖為“教會的凱旋先鋒”。
在他的《懺悔錄》（Confessions）1:6中，聖奧古斯丁發問道：“在進入我母親的子宮以前，我是不是曾住在另一副身體，或是生活在另一個地方？”
協助完成《武加大聖經》的聖耶柔米（St. Jerome）無論在聖事還是俗事上都無可挑剔，這位可敬的教士曾說過，轉形是早期教會的秘傳教誨，在會眾中只有少數幾人能有幸獲教（耶柔米《致狄米特書》〔Epistola ad Demeter〕）。
據魯菲納斯（Ruffinus）記載，聖阿納斯塔修斯（St. Anastasius）曾在他寫的一封信中明確提到他對先存的確信，而且他還暗示輪迴並非不可接受。埃米薩（Emissa）主教內梅修斯（Nemesius）也聲稱，他那個時代的希臘基督徒無不相信轉生。
努米底亞的基督教護教士亞挪比烏（Arnobius）寫道：“我們死過許多回，然後又一再從死裡復活。”（《論辯釋義》〔Adversus Gentes〕）此外根據亞挪比烏的記載，亞歷山卓的革利免其實也曾就轉生有過一番闊論。革利免甚至斷言，輪迴轉世的信仰既有傳統依據，又有聖保羅本人的權威可以作證。
聖游斯丁亦十分明確地指出，人的靈魂可以入住不止一個人的軀體。他承認人們為何無法記起他們的前世是一個棘手的問題，但他走得是如此之遠，甚至認為最嚴重的罪人的靈魂在死後可能會莫名地附著到野獸身上。
尼撒的聖貴格利（St. Gregory）同樣就輪迴表示了自己的看法：“這對於使靈魂獲得療癒與淨化而言實屬必要，若它沒有發生在此世，那也必定會發生在來世。”這段話可能暗示了靈魂可以在其它狀態下生活，但考量到他那個時代流行的觀點，他似乎更有可能是在談論轉生。
在一篇流傳下來的禱文中，辛奈西斯說道：“父啊，請使我的靈魂歸於光，別再回到塵世的幻象。”在一篇曾被托馬斯・泰勒援引、關於夢的文章中，辛奈西斯補充道：“這或許是富有想像力的靈魂趁著勞累的閒暇之餘，脫離這黑暗的住所，化作他人的生命也說不定。”
在《駁塞爾蘇斯》（Contra Celsum）中，偉大的基督教教父俄利根寫說：“每個靈魂都會出於未知的因素（我是以畢達哥拉斯、柏拉圖和恩培多克勒的觀點來說這話，塞爾蘇斯經常提到他們）來根據他們過去的品行選擇身軀投入，這樣的說法有哪一點不合理了？”在《生命之輪》（Wheel of Life）裡，可敬的聖約翰教會牧師A・亨德森（A. Henderson）不忘指出輪迴原先是神秘學派的教誨，後來又被教會蕭規曹隨：“許多人之所以會抱持抵觸的態度，據說是與君士坦丁堡的第五次大公會議出言譴責了這一學說有關。但仔細考察歷史就會發現，輪迴的問題甚至沒有在大會上被提出；是君士坦丁堡主教門納斯（Mennas）先在地方宗教會議上發表了對某些俄利根主義者的極端教條的批判。在這件事上，他又是受到了查士丁尼大帝的鼓勵，正是後者要求他去宣布對特定幾位主教的破門律。這場地方宗教會議是在公元543年舉行，大公會議上演還得要等到十年以後。不過，門納斯的宣判後來被誤以為是大公會議下的判決也是情理之中。”
查士丁尼並沒有給雅典和羅馬的那些古老學派好臉色看，他甚至下令逐出哲學家。被俄利根主義者的教義所惹怒的查士丁尼通過詔書發表了對俄利跟的譴責，後來教宗維吉呂（Pope Vigilius）也應聲附和（盧托斯瓦夫斯基〔W. Lutoslawski〕《先存與輪迴》〔Pre-existence and Reincarnation〕）。
據盧托斯瓦夫斯基所寫：“這些譴責針對的是一種非常特別的先存學說，其言下之意就是曾經高居天國的完美靈魂發生了墮落，對輪迴教理的這般激進演繹確實容易招致批評，但這並未觸及到那真正古老的傳統，即輪迴實際上符合基督教的煉獄觀。”
從權威的證言可見，基督教會其實從未宣布作為實現與上帝的終極合一手段的輪迴是異端之論。正因如此，連那些自由派居然都忽略了這個對理解生命的本質如此重要的學說實在叫人感到不可思議。真說起來，輪迴實在是基督教世界在今天最應該也最值得積極宣揚的教誨。
深奧難懂的偽經《皮斯特絲索菲亞書》（Pistis Sophia）記錄了豐富的諾斯底傳統以及據說是耶穌授予抹大拉的馬利亞的秘密教誨，其中也包括了對輪迴的肯定：“但若他一而再、再而三地犯罪，他們就會拒斥那個靈魂，並按所犯之罪使其以相應的模樣重回塵世。”
輪迴學說在君士坦丁堡宗教會議後漸漸淡出歐洲，它的缺席可說是極大地加劇了黑暗時代的痛苦與荒涼。如同其它諸多哲學傳統，它接著被傳入阿拉伯並伴隨撒拉遜人的崛起蓬勃發展，直到後來才又被卸甲還鄉的十字軍帶回歐洲。輪迴始終是以一種哲學性的學說的形式存在，隨著哲學在西方逐漸萎靡不振，轉生的學說也跟著變得蕩然無存。
不過，偶然還是會有些許例外。“也許會令你感到吃驚的是，下面這些人都是中世紀羅馬天主教會中的輪迴支持者：創立方濟會的亞西西的方濟各（St. Francis of Assisi，1182－1226）、博學多聞的愛爾蘭僧侶約翰內斯・愛留根納（Johannes Scotus Eriugena）、方濟會主教與監督，‘熾天使博士’聖文德（St. Bonaventura，1221－1274）、道明會僧侶托馬斯・坎帕內拉（Thomas Campanella），他因為相信靈魂會多次投胎地球而被逐，還有正統天主教徒奧連特（M. d'Orient，《靈魂之命運》〔Destinees de I'Ame〕）也寫道：‘在這個無疑十分理性的學說中，所有的事物都互相關聯...為了實現各種不同的結果，上帝會按照祂的計劃來讓某些靈魂重新化身。因此，最崇高的宗教奧祕、最美妙的靈魂真相都可以從對轉生的認識中找到最合理的解釋。”（《阿佐特》〔Azoth〕1920年2月〈或許能惠你良多的書信〉（Letters That May Help You，No. 5）
在基督教異端中信奉輪迴的教派有摩尼教、普里西利安派（Priscillianists）、阿爾比派（Albigenses）。摩尼教融合了諾斯底主義、波斯二元論與基督教一神論，輪迴是它非常重要的教條。
摩尼教對整個近東產生了深遠影響，直到它終究不敵基督教正統派的威逼。
普里西利安派是4世紀的西班牙主教普里西利安（Priscillian）的追隨者。這個教派將諾斯底教和摩尼教的哲學與他們的正統信仰相結合，但普里西利安本人卻被羅馬皇帝馬格西穆斯（Maximus）譴責是異端，並在公元385年遭到處死。即使如此，這個教派仍一直苟延殘喘至6世紀。普里西利安派也認可先存，他們對轉生的概念同樣不避諱。當然，他們正是因為抱持諸如此類的信仰而被盯上。
在12－13世紀一度活躍不已的阿爾比派不但令教會感到如鯁在喉，甚至還招來了宗教裁判所的鐵腕制裁。使他們慘遭折磨和屠戮的其中一個理由就在於對重生的篤信。
只要基督教會的世俗權力一日不倒，異端教派的蠢動便永無寧日。許多大公與宗教會議都同意要對這些分裂現象展開嚴厲整肅，但這仍舊無法阻止非正統神秘主義的傳播。遺憾的是，新教改革沒能造就奉行自由主義的基督教，那群本身就是清教徒的改革者依舊在一定程度上信守正統派教義，因此其實並不比他們所針砭的教會要好到哪裡去。
有趣的是，早期教會有一種很特別的傾向是他們會把某些希臘哲人視作是基督徒，儘管他們都是基督降生以前的人。柏拉圖、蘇格拉底和畢達哥拉斯都在早期教會中享有相當崇高的地位。流傳已久的傳統聲稱畢達哥拉斯其實是一位僧人，就連抱持懷疑主義的老蘇格拉底也被認為肩負著神聖的旨意。甚至是釋迦牟尼都被冊封了聖約沙法（St. Jehosaphat）這個名字，或許就是這樣的習俗啟發了伏爾泰，所以他才會說柏拉圖理應被追認為基督教會的第一位聖人。這同樣使人有理由懷疑，異教數學家、最偉大的女哲學家、辛奈西斯的老師希帕提婭也許就是亞歷山卓的聖凱瑟琳（St. Catherine of Alexandria）。
早期教父對於基督教實際上深植於異教教義與傳統這一事實心知肚明。基督教世界與古典異教世界有很多觸類旁通之處，兩者的區別只在於原罪被輪迴跟業力取代了而已。
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